Sovyetler bir maden çalışmasında yaklaşık 14 km derine iniyor ve o noktada bir patlama gerçekleşiyor. Patlamadan sağ kurtulanlar Çelik fabrikasına getiriliyor. Yaralılar da önce görme bozukluğu, sonrasında da yüksek ateş, bayılma, iştahsızlık, uzuvlarda ağrılar meydana geliyor ve fabrikadaki diğer işçilere de bulaşmaya başlıyor. Fabrikaya giriş çıkışları kapatıyorlar ancak Dr. Dawid Zybert, tedavi için Gabriel Baryka adında hastalığın bulaştığı bir işçiyi hastaneye getirtiyor. Ancak Gabriel'in seçilme sebebi, fabrikada dalgıç kıyafetine benzer bir şey giymiş, metalik bir varlığı gördüğünü, hastalığın onun tarafından getirildiğini söylemekte ve sürekli onun resmini çiziyor olmasından kaynaklı olarak, Dr. Zybert onun hastaneye getirilmesini istiyor. Bu noktadan sonra Polonya hükümeti bulaşmanın önüne geçemiyor ve 1981 yılının sonlarında global bir pandemiye dönüşüyor, bu olaya The Change adı veriliyor.


The Change (Değişim) denmesinin sebebi, hastalığın insanları simbiyotik bir eğilime sürüklüyor ve tüm hastaların birleşme gayesi içerisinde bir davranış sergilemesinden kaynaklanıyor. Fabrika tüm bu birleşmenin merkezi, sıfır noktası konumunda yer alıyor, ancak buranın dışında kalanlar merkezden uzak kaldığı için o birleşmeye dahil olamıyor ve ayrı kalanlara Orphans (Yetimler) ismi veriliyor.


Collective adında bir sistem, yaşanan olayların çok uzun yıllar sonrasında ND-3576 kodlu Traveler'ı yani ana karakterimizi uyandırıyor ve bizden önceki Traveler'ın öldüğünü söyleyerek, bulmamızı istiyor. O Traveler'ı bulduğumuzda hedefinin Edward Wisniewski adında biri olduğunu öğreniyoruz ve yaşadığı apartmana gidiyoruz. Edward'ı özümseme durumu gerçekleşiyor yani onun zihnindeki Essence'i (Öz) kendimize aktarıyoruz.


Essence denilen şeyin şöyle bir önemi var. Traveler, başka bir Essence'i kendi zihninde ne kadar uzun süre tutarsa o kadar bağlılık oluşuyor ve ayrılmak mümkün olmuyor. Bu da kişiliklerin karışmasına sebep olup, Traveler'ları daha insanı hale getiriyor. Zaman zaman ekranda beliren yüzler Traveler'ın içindeki Essence'lerin gerçek sahipleri, bizle birlikte yaşadıkları için algı bulanıklaşmaya başlıyor.


Bu Essence'ler öğreniyoruzki Terminal adında bir makineye aktarılıyor ve oradan da Collective'e. Terminal sayesinde alınan Öz'ler ile iletişim kurup sonraki hedefleri belirliyoruz. Bu noktada Terminal'de yaşadığımız bir sıkıntı bize zarar verecekken Warden adında vücudu ve zırhı zarar görmüş başka bir Traveler bizi kurtarıyor. Akabinde önce Çelik fabrikasında Arthur Baryka'nın Öz'ünü ele geçirmeye gidiyoruz, orada başka bir Traveler'ın yakalandığını, sorguya çekildiğini ve üzerinde deneyler yapıldığını öğreniyoruz. Yakalanan Traveler'ın, Dr. Weronika Kaminski dışında kimse ile konuşmadığı bilgisini ediniyoruz. Fabrikadan sonra hastaneye Dr. Zybert'i bulmaya gidiyoruz. Hastaneye vardığımızda Zybert'in yardımcısı Weronika ile karşılaşıyoruz. Weronica, bizi Zybert'in yanına götürdüğünde, Doktorun, ilk hastalardan Gabriel Baryka ve apartmanda Edward'ın yanında karşılaştığımız ve annesini aramak için hastaneye gelen Angela ile birleştiğini görüyoruz. Her şeye rağmen Dr. Zybert'in Essence'ini alıyor ve Terminal'e geri dönüyoruz. Ancak Zybert'in bedeninde Gabriel ve Angela da olduğu için kişilik karmaşası yaşanıyor ve Angela üzerinden Zybert ile konuşuyoruz.


Bu süreçte Weronica'dan Pathfinder adında bir Traveler'ın varlığını öğreniyoruz. Bu kişi aslında fabrikada ele geçirilen Traveler'mış, hedefi Weronica'yı saplantı haline getiriyor ve ondan kopamıyor. Bilerek yakalanıyor ve Weronica ile iletişim kuruyor. Gabriel'in fabrikada gördüğü Traveler'da Pathfinder'ın kendisi. Ancak zamanla Pathfinder amacından saparak neden var olduğunu unutuyor. İnsanlar ve kedilere odaklanarak yıllarını geçiriyor. Pathfinder hakkında bilgi edinmek için Warden'a danışıyoruz, o da bize Pathfinder'ların sıradan Traveler'lar olmadığını, onların çok özel yetenekleri olduğunu ve zamanda oynayabildiklerini söylüyor.


Zybert'in Essence'inden Pathfinder ile ilgili bigli edinmeye çalışıyoruz ve bunun sonucunda, Pathfinder'ın, Zybert'in kızını deneylerden korumak için kliseye sakladığını öğreniyoruz. Pathfinder'ın da hala orada olduğunu umut ederek kliseye doğru yola çıkıyoruz. Ancak klisedeki insanlar hastalığı Tanrı'nın lütfu olarak kabul edip, sorunu Traveler'larda görüyorlar. Pathfinder ise orada bulunduğu süreç içerisinde insanları daha yakından inceliyor ve onlara hayranlık duymaya başlıyor. Weronica'nın tedaviyi bulabilmesi için görevinin dışına çıkıyor ve kendisini orada öldü göstererek, diğer Traveler'ların gelip Weronica'nın Essence'ini almasını engellemek için tüm kapsülleri açarak, Traveler'ları işlevsiz hale getiriyor. Biz oraya vardığımızda ise çok üstün bir canlının varlığına şahit oluyoruz. Klisedeki tüm insanlar birleşerek çok daha zeki bir canlı haline gelmişler. Her şeye rağmen varlığı öldürüyoruz ve yerde yatan Pathfinder'ın cesedini buluyoruz.


Bu noktada işler karışıyor, çünkü Pathfinder'ın kod numarası ile Warden'ın zırhındaki kod numarası aynı. Pathfinder'ın cesedini Terminal'e götürdüğümüzde sadece Pathfinder'ın girebildiği bir odanın kapısı açılıyor ve akabinde geçen onca yılın ardından Weronica'dan arda kalan bedeni görüyoruz. Warden aslında Pathfinder ve bu süreç içerisinde tek derdi sadece Weronica'yı hayatta tutmak, insanlığı kurtarmak değil. Lazaruz Protokol adının verildiği bir süreci ND-3576 adlı Traveler'da yani ana karakterimizde 319 kere deniyor, bunun anlamı şu 319 kere zamanda yolculuk yaparak Weronica'yı ND-3576'ya aktarmaya ve kişilik kazandırmaya çalışmış. Ana karakterimiz aslında Weronica'nın kendisi ama 1981 yılındaki Weronica bunu bilmiyor ve Pathfinder'a güveniyor, onun insanlığı kurtarmak için çaba sarf ettiğini sanıyor. ND-3576 bunları öğrendikten sonra Warden, Pathfinder haline dönüşerek zamanda tekrar yolculuğa çıkmaya ve her şeyi yeniden, daha doğru bir şekilde yapmaya çalışacağını söylüyor ve elbette biz de buna izin vermiyoruz.


Oyunun sonunda hangi sonu seçerseniz seçin hastalık engellenemiyor. Dr. Zybert, hastanedeki kayıtlarından birinde, bu hastalığın temelinin Dünya'daki yaşamın ilk oluştuğu zamana ait olduğunu, o yüzden birileri tarafından getirilmediğini hep burada olduğunu ve uyanmayı beklediğini söylüyor.


Oyunun açıklamadığı tek şey Collective. Ancak burada klisede yaşanan şey bize fikir veriyor. Birleşme ne kadar büyükse akıl da o kadar büyük hale gelmekte, klisede az sayıda insanın birleşimi bile oldukça kudretli bir varlığın oluşmasına sebep olmuştu. Her şeyin merkezinde yer alan Çelik fabrikasındaki ana birleşme bölgesi yıllar içerisinde binlerce insanın dahil olduğu "Hive mind" olarak adlandırılabilecek Kovan aklı şekline bürünmüş olabilir. Buradaki varlığın ne derece zeki olduğuna akıl erdirmek zor, o yüzden yok olmuş bir dünyanın teknolojik olarak bu hale gelmesi üst akıl sayesinde mümkün olabilir anca. Muhtemelen Traveler'lar da hastalıklı bireylerin zamanla evrim geçirmiş hali, çünkü insanlar gibi kanları akıyor ve Orphan'lar gibi aşırı güçlüler de.


Uzun lafın kısası; ND-3576'nın oyunun başında uyanırken gördüğü siyah beyaz görüntüler aslında Weronica'nın zihnine ait, o ana kadar ND-3576 aslında 300'den fazla kez uyanmış ve Pathfinder (Warden) tarafından zihninin tamamen Weronica'ya dönüştürülmesine maruz kalmış bir döngünün parçası. Mesela bu döngüyü fark ettiğiniz en güzel anlardan biri, NG+ oynadığınızda şifreli kapıların şifrelerini tekrar bulmuyorsunuz, hepsi gözüküyor.