Her şey 2002 yılında Jesse ve Dylan kardeşlerin ABD'nin Ordinary adlı kasabasındaki bir çöplükte Object of Power'lardan biri olan Slide Projector (slayt makinesi) bulması ile başlıyor. Bu makinenin her slaytı bir boyut açıyor, Slayt 36'daki boyut içerisinde de bu iki kardeş bir varlık ile tanışıyorlar, Jesse bu varlığa Polaris adını veriyor. Polaris'in fiziksel bir bedeni yok. Hedron adındaki bir kanal aracılığı dalgalar yayarak iletişim kuruyor. Bu yaşananlar Jesse ve Dylan için büyük bir olayın başlangıcı oluyor.

Federal Bureau of Control (FBC), adında ABD hükümetine ait bir şirket var. FBC'nin amacı doğa üstü varlık ya da nesneleri araştırmak. Büronun merkezi de New York'daki Oldest House adındaki bir gökdelen. Binanın kökeni tam bilinmese de yüzlerce yıllık geçmişi olduğu belirtiliyor. FBC'nin asıl amacı ise Altered World Event (AWE) yani Değişkenlik Göstermiş Dünya Olayları denilen durumlar. Bu, alternatif boyutlardan gelen güçlerin alelade herhangi bir dünyevi nesneyi değiştirmesi olarak açıklanıyor, bu değişen nesne içinse Altered Item (Değişen Eşya) deniyor. DİP NOT: Oyunun, Alan Wake ile aynı evrende geçiyor oluşu da AWE ile alakalı, Alan'da bir Altered Item bularak Threshold (Farklı bir boyuta ait oda) açıyor ve boyut değiştiriyor. FBC, 1964 yılında yapmakta olduğu AWE araştırmasında Oldest House denilen binayı keşfediyor. Bu binanın içerisinde, bina ile bağ kurmuş Astral Plane olarak adlandırılan bir boyut mevcut. FBC bunu öğrendikten sonra binayı merkez yeri olarak belirliyor ve tüm çalışmalarını bu binada yürütmeye başlıyor. Ancak Astral Plane'de ters duran siyah bir piramit bulunuyor. The Board adındaki varlıklar piramidi kullanarak iletişim kuruyorlar ve FBC'yi kontrol ediyorlar. FBC'nin Direktör'ünü de The Board belirliyor. Oyunda karşımıza çıkan Direktör ise Zachariah Trench.

Object of Power (OoP), bu eşyalar da tıpkı Altered Item gibi ama daha dengeli. Bu OoP'ler Astral Plane ile bağlantılı eşyalar, Slayt Makinesi, The Board ile iletişime kurulabilen Hotline telefonu, havada süzülebilmemizi sağlayan Benicoff Televizyonu, ateşli silah olarak kullanabildiğimiz servis silahı OoP'lerden bazıları. Servis silahının özelliği itaat edeceği kişiyi seçiyor olması, o kişi de FBC'nin Direktör'ü oluyor. Jesse oyunun başında servis silahını kullanmaya başlayarak herkes tarafından yeni Direktör olarak tanınmaya başlıyor. Oyundaki karakterlerden Frederick Langston Altered Item ve Object of Power arasındaki farkı şöyle açıklıyor. OoP, doğal akışında yağan bir yağmur gibi ama Altered Item ise bıçak yağmuru gibi, yani tamamen dengesiz.

Ordinary Altered World Event (OAWE) yani Jesse ve Dylan'ın slayt makinesini bulduğu olaya verilen isim. Kardeşler slayt makinesini açtığında geri dönüşü olmayan bir yola girmişlerdi, orada kötü huylu bir varlığın etkisinde kalan kardeşleri Polaris kurtardı ve slayt makinesini kapattılar. Ancak bu yaşananlar Büro'nun AWE araştırmaları tarihindeki en büyük olay olarak kayıtlara geçerek dikkat çekti. OAWE yaşandıktan kısa bir süre sonra Büro harekete geçerek, hem slayt makinesini hem de Dylan'ı kaçırdı. Ancak Jesse, daha öncesinde tüm slaytları yakarak yok etmek istese de Büro, Slayt 36'yı kurtarmayı başardı.

Slayt 36'yı elde ettikten sonra Büro, Dr. Casper Darling önderliğinde o boyutta çeşitli araştırmalar yapmaya başlıyor. Bu araştırmalar esnasında da Hedron ile karşılaşıyorlar. Dr. Casper, bir müddet sonra Hedron'a karşı fazla saplantılı bir hale geliyor ve onu araştırmak takıntıya dönüşüyor öyle ki kişisel hayatından vazgeçip, Büro'ya yerleşiyor ve tüm hayatı Hedron üzerine oluyor. Araştırmalar sonucunda Hedron'un iyi niyetli bir varlık olduğunu düşünüyorlar, zira Hedron, Hiss istilasının haberini veriyor. Dr. Casper bunun üzerinde Hedron'u kullanarak Hedron Resonance Amplifiers (HRA) denilen bir alet yaparak bunun Büro ajanlarına dağıtmaya başlıyor. (Çalışanların üzerine taktığı yuvarlak obje) sonrasında ise kendisini bir odaya kapatıyor.

Dylan'ın ise Büro'ya getirilme sebebi OoP'leri kullanarak paranormal güçler konusundaki potansiyeliydi ve bu özelliği sayesinde gelecekteki Büro Direktörü olarak düşünülüyordu. Dr. Casper, başlangıçta kendi gözetiminde tutup onu Direktör olabilecek şekilde geliştirmek istese de, Dylan'ın mevcut güçleri kontrol edilemiyordu ve bir süre sonra da tamamen kontrolden çıkarak birkaç Büro ajanının ölümüne sebep oldu. Bunun üzerine Dylan, P6 adı verilen hücreye kapatıldı

O günkü Direktör Zacharia Trench, Dr. Casper'ın Hedron'a olan takıntısından ötürü paranoyaklaştı. Dr. Casper, HRA'ları ajanlara dağıtmaya başlayınca Hedron'un tüm FBC'yi istila edeceği korkusuna kapıldı ve Hiss tarafından zihni ele geçirilen Trench, Slayt Makinesini tekrar açarak Hedron'u durduracağını düşünerek Hiss'i serbest bırakıyor ve Ekim 2019'da istila başlıyor. İstilanın geleceğini önceden bilen Polaris, 17 yıldır kardeşini arayan ve bu konuda vicdan azabı çeken Jesse'ye bir sinyal gönderiyor ve bu sinyal Jesse'yi Büro'ya yönlendiriyor.

Hiss, aynı Polaris gibi fiziksel bir bedene sahip olmayan, boyutlar arası dalganma ile iletişim kuran bir varlık, fakar Polaris'in aksine kötü bir varlık. Jesse, Hiss'i kafanızın içinde sizi sürekli yiyip bitiren bir solucan olarak açıklıyor. Polaris gibi iletişim kurmak için Hedron tarzı bir kanala ihtiyaç duyup duymadığı bilinmiyor. Polaris, Hiss saldırılarından insanları koruyabiliyor, Dr. Casper'ın ajanlara dağıttığı HRA'ları giyenler de bu sayede bu saldıradan etkilenmediler. Hiss'in yaydığı boyutlar arası sinyalden etkilenen insanlar havada öylece süzülür ve süzülürken de Hiss'e ait sözleri durmadan tekrar ediyotlar (Bu sözler kopuk cümlelerden oluşan uzun bir paragraf, bazı şeyler oyunda gördüklerinizden ötürü anlam kazanıyor ama tamamen anlamak için iyice irdelemek gerekiyor. Paragrafın bir kısmı şu şekilde; "Sen zamana rağmen bir solucansın. Gökgürültüsü seni değiştirir. Beyaz inci ama sarı, kırmızı göz. Islak yüzeyde parmakları sürükle. Sen her zaman yeni olacaksın. Doğru olmak istiyorsun. Bizim kelimelerimizi neredeyse duyuyorsun ama unutuyorsun. Bu durum artık daha fazla gerçekleşiyor. Lekeleri bekliyoruz. Kelimeleri tekrarla. Yankılar senin evinde. Sesin ismi. Geriye hiçbir şey kalana dek inşaa ediyoruz. Yumurta çatlar ve gerçek senden çıkar. Sen evsin. Bize evi hatırlatıyorsun. Tüm saçlar yenmeli. Şarkı bitti şimdi alkış zamanı. Bu klişe zamanı öldürür, birinci ve ikinci ardından üçüncü ve dördüncü duvarı kır, katlar artık yok, düşüyorsun. Delirmek nasıl söylenir. Geldin ve deliğe girmene izin verdik. Kopyasın, kopyasın, kopyasın. Portakal kabuğu. Dinlenek istiyorsun, Rüya görmek istiyorsun. Gülmek istiyorsun. Acı vermek istiyorsun. Olmak istemiyorsun.") Hiss'in tam amacı bilinmiyor ama etkilediği insanlar tamamen kontrolden çıkarak, gerçeklik yasalarına aykırı bir halde değişim yaşıyorlar. Çoğu Jesse gibi özel doğa üstü güçler kullanabilir hale geliyor.

Jesse, Büro'ya geldiğinde Zachariah Trench'in ölümü ile karşılaşır. Elde ettiği servis silahı ile kendisini bir anda yeni Direktör olarak bulur. The Board, Hotline üzerinden Jesse ile iletişim kurarak, Oldest House'daki Hiss istilasını durdurması ve kontrolü tekrar ele geçirmesi için görevlendirir. Jesse böylece hem istilaya karşı mücadele verirken hem de geçmiş 17 yılın soru işaretlerini gidermek için harekete geçer. Polaris, Hiss ile mücadele edebilemek için önce OoP'leri devreye sokması gerektiğini söyledi Jesse'ye ve o da çeşitli Büro ajanlarının yardımı ile birçok OoP elde ederek Hiss'e karşı üstülük kurmaya başladı. Ancak yardım ettiği ajanlardan Helen Marshall'dan kardeşi Dylan'ın Büro içerisinde olduğunu öğrenince onu bulmaya yöneldi. Dylan ise Hiss istilası başladığında Hiss'in etkisine kapıldı ama Dylan gücü sayesinde aklını yitirmedi, kontrol kendisindeydi. Fakat aynı Zachariah Trench gibi Dylan da Hiss'in iyi tarafta olduğunu sanarak Polaris'i düşman olarak görüyordu. Jesse, Helen'in isteklerinden birini yerine getirdikten sonra Dylan'ın kilitli tutulduğu P6 hücresinin yerini öğrendi, ama oraya gittiğinde Dylan çoktan kaçmıştı ama ilginç bir şekilde kendi isteği ile Büro ajanlarının yanına dönmüştü. Jesse, 17 yıllık aradan sonra kardeşi ile konuşmaya gittiğinde onun kendisinde olmadığını gördü. Aslında konuşan biri vardı ve Jesse'yi tanıyordu ama üçüncü şahıstan biri konuşuyordu ve alternatif boyut rüyalarından bahsediyordu. Hiss'in düşman olmadığını, Polaris'in etkisi altında olan Jesse'in Polaris'e ve hatta Büro'ya güvenmemesini söylüyordu. Ayrıca P7 hücrersine giderek bazı gerçekleri görmesini istedi. Bunun üzerine Jesse P7'ye giderek Dylan'ın dediği gibi ilginç bilgiler öğrendi. Büro, 17 yıl boyunca Jesse'yi izlemiş, fotoğraflamış, onun hakkında bilgileri kayıt altına almıştı. Jesse, Dylan olmazsa diye Büro'nun Direktör'lüğü için ikinci seçenek olarak düşünülmüştü. Dylan ise bu süreçte ortadan kaybolarak Astral Plane'e gitti. Orada The Board'u ele geçirmek isteyen Hiss, bunun için Dylan'ı kullanıyordu. Jesse'de Astral Plane'e gitmek için önce Slayt Makinesini bulması gerekiyordu ama makine Boyutsal Araştırma Merkezinde yer alıyordu ve oraya gidebilmek için de Astral Maze'den (Boyutsal Labirent) geçmesi gerekiyordu. FBC'nin gizemli ve yalnız olarak bilinen Ahti adında bir hizmetçisi vardı. Ahti, birçok konuda Jesse'ye yardım eden biri oldu ve labirenti geçmek için de yine o yardım etti. Kendisine ait bir kaset çaların labirentte yol gösterdiğini söyleyen Ahti, bu sayede Jesse'nin araştırma merkezine geçmesini sağladı. Jesse slayt makinesinin tutulduğu yere geldiğinde onu orada bulamadı ama başka bir şeyi buldu, Hedron. O esnada Hiss'in saldırısı altında olan Hedron'u kurtarmak için mücadeleye girişti, çünkü Hedron yok olursa Polaris'i de kaybedecekti. Hiss'in saldırılarını önlemesine rağmen Hedron'un yok olmasını engelleyemedi. Polaris ile bir daha iletişim kuramayacağını sanarak anlık olarak Hiss'in etkisi giren Jesse, kontrolünü kaybetti.

Tam bu esnada Credits ekranı geliyor ve oyunun o şekilde bittiği sanılıyor ama ekrandaki yazılar bir süre sonra bozulmaya başlıyor ve Jesse, kendisini Büro içerisinde getir götür işlerini yapan bir çalışan olarak buluyor.

Jesse, Büro içersindeki etrafındaki diğer çalışanların mektuplarını dağıtan, kahvelerini getiren, fotokopileri çeken bir çalışan olarak oradan oraya koşturmaya başlıyor. Tüm işlerini hallettikten sonra Direktör mektuplarını teslim etmek için Trench'in odasına gidiyor ve sonra kafasına sıkılırken buluyor kendisini ve tekrardan uyanıp, aynı işleri yapmaya başlıyor. Ancak her seferinde durumun farkına varan Jesse, o boyutta sıkışıp kaldığını ve Hiss tarafından kontrol edildiğini anlıyor. Bunu değiştirmek için de mektubu vermek için gittiği Trench'in odasında silahını alıyor Trench'i vurarak, Direktör koltuğuna oturuyor ve oyun boyunca Direktör olmadığını dile getiren Jesse bu defa yeni Direktör olarak kendisini benimsiyor. Aynı esnada Hotline üzerinden bir çağrı alarak Dr. Casper'ın odasına yönlendiriliyor, oradan da Motel'in içine.

Motel, oyun boyunca yolumuzu bulmak için bazı ufak bulmacaların olduğu bir yer. Ancak işin aslı motel bir Place of Power yani Gücün Mekanlarından biri. Bu motel doğru güzergahı bulmayı sağlıyor. Jesse burada Polaris ile iletişim kurmak için artık Hedron'a ihtiyaç duymadığını, zira sanıldığı gibi Hedron'un bir kaynak olmadığı sadece araç olduğunu öğreniyor. Polaris için yeni sinyal kanalı Jesse'nin ta kendisi olmuştur artık yani Polaris ile bir bütün olmuş ve çok daha güçlü hale gelmişlerdir. Ancak Hedron öldüğünde Hiss, Jesse'yi etkilemeyi başarmıştı. Burada öğreniyoruz ki, Hiss, Trench'i uzun zaman önce etkisi altına alarak onu yıllar içerisinde değiştirmeye ve yönlendirme başlamış. Bunun sonucunda da iyice kontrol altına aldıkları Trench'in slayt makinesini tekrar açmasını sağlamışlar. Jesse'de Hiss'in etkisi altına girdiğinde slayt makinesinin girişini aynı Trench gibi buluyor ve slayt makinesini kapatmak için tekrar boyut değiştirerek Astral Plane'e geçiyor. Dylan'ı Piramidin altında dururken gören Jesse, ona ulaşmak için biraz mücadele veriyor ve en sonunda Dylan'ı kurtararak boyut kapısını kapatıyor. Ancak Dylan, kendisine gelemiyor ve komaya giriyor. Hiss'in ise hala Büro içerisinde aktif olduğu yerler bulunuyor ve Jesse yeni Direktör olarak kontrolü tamamen ele geçirmek için görevini yerine getirmeye devam ediyor. (Buradan sonrası yan görevler.)