Teknoloji Haberleri
Aşağı Git
Tüm Forumlar
İşletim Sistemleri ve Yazılımlar
Yazılım Genel
İş ve Sektörel Programlar
Rasmol Türkçe Kullanım Klavuzu
Bu konudaki kullanıcılar: 1 misafir, 1 mobil kullanıcı
0
Cevap 453
Tıklama 0
Öne Çıkarma
Cevap 453
Tıklama 0
Öne Çıkarma
1. sayfa
-
Rasmol Türkçe Kullanım Klavuzu
1. sayfa
DH Mobil uygulaması ile devam edin.
Mobil tarayıcınız ile mümkün olanların yanı sıra, birçok yeni ve faydalı özelliğe erişin.
Gizle ve güncelleme çıkana kadar tekrar gösterme.
RasMol isimli programın kullanımını Türkçe anlatan kaynaklar neredeyse hiç yok. Bu eksikliği gidermek için böyle bir başlığı açma ihtiyacı duydum. Lütfen siz de 2 dakikanızı ayırıp üye olun ve bilgilerinizi forumumuz vasıtasıyla tüm Türkiye'ye paylaşın.
Tıp, Eczacılık, Diş Hekimliği, Biyoloji, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Biyomühendislik alanında lisans, yüksek lisans, doktora ve sonrası için çok önemli bir program olan RASMOL'ü elimden geldiğince anlatmaya çalışacağım.
RasMol bizim detaylı yapısını görmek istediğimiz proteininhttp://www.rcsb.org/pdb/home/home.do sitesinden .gz uzantısı ile indirdiğimiz dosyasını açan bir uygulamadır.http://www.rasmol.org/ sitesinden indirilen bu uygulama ile temel olarak proteinin istediğimiz sekanslarını, zincirlerini, amino asitlerini, atomlarını vb. seçip üzerinde çalışmalar yapabiliriz.
SwissPdbWiever'a göre kullanımı daha basit olan RasMol programı basit bir görüntüleme ekranı ve komut ekranı içerir.
İlk olarak indirdiğimiz proteini zip'den çıkartırız ve RasMol ile açarız.
Görüntüleme penceresinde üstteki Display seçeneği farklı şekillerde proteini görmemizi sağlar. Örneğin Alfa Helix ve Beta Sheet görünümünü elde etmek için Cartoons seçeneğini seçmemiz gerekir.
Program Default yani varsayılan olarak tüm sekansı seçer ve yaptığınız seçimleri tüm proteine uygular. Ama spesifik bir sekans seçmek için şu komutu girmeniz gerekir;
select 23-184 (23 ve 184 dahil olmak üzere bu Amino Asit sekanslarının olduğu bölgeyi seçer)
ya da
select 23 (sadece 23. Amino Asidi seçer)
Bu aşamadan sonra yapacağımız değişiklikler o sekansı etkileyecektir.
Bunun dışında sekans değil de Chain yani zincir de seçebiliriz. Açtığımız proteinin diyelim 2 adet zinciri olsun. Bu zincirler proteinin ilgili PDB sayfasında yazar A,B gibi mesela.
Biz diyelim ki A zincirini seçmek istiyorsak
select :a deriz ve a zincirini seçmiş oluruz.
hatta a zincirindeki 30 ile 46'ıncı amino asitlerin arasını seçmek istersek;
select 30-46:a deriz ve o bölgeyi seçeriz.
Seçtiğimiz bölgeleri renklendirebiliriz de. Şöyle ki;
colour red
dersek seçtiğimiz bölgeyi kırmızıya boyarız.
bunu dışında arkaplan rengini de değiştirebiliriz.
background white
dersek arkaplan beyaz olur.
Eğer proteinin belli bölgesi kalacak şekilde kesmek istiyorsak da restrict komutunu kullanırız. Örneğin;
restrict 35-790:c
dediğimizde c zincirinin 35 ile 790 arasındaki (onlar da dahil) bölgesi dışındaki tüm bölgeyi siler.
Bunun dışında istediğimiz amino asidi de select komutu ile seçebiliriz. Şöyle ki diyelim ki Lysine Amino Asidini seçmek istiyoruz
select lys deriz
ya da özel bir Lysin ise mesela
select Lys603 diyebiliriz
hatta özel bir zincirdeki Amino Asidi de seçebiliriz
select lys603:b
gibi.
Arkadaşlar bunlar çok temel bilgiler olsa da internette benzeri Türkçe hiç bir bilgi olmadığı için umarım işinizi görür.
Lütfen siz de daha detaylı bilgiye sahipseniz buraya yazın, unutmayın ki bilim paylaşarak gelişir.
Hepinize kolay gelsin.
DH forumlarında vakit geçirmekten keyif alıyor gibisin ancak giriş yapmadığını görüyoruz.
Üye Ol Şimdi DeğilÜye olduğunda özel mesaj gönderebilir, beğendiğin konuları favorilerine ekleyip takibe alabilir ve daha önce gezdiğin konulara hızlıca erişebilirsin.
< Bu mesaj bu kişi tarafından değiştirildi 3406 project -- 17 Ocak 2014; 0:14:27 >