Freeman sıradan bir fizik profesörüydü. Ancak tesiste yapılan bir deneyde oluşan aksilikler sonucunda dünya dışı varlıklara karşı kendisini savunmak zorunda kalmıştır. İlerleyen zaman içerisinde de efsanevi bir direniş kahramanı ve dünya dışı varlıklara karşı yapılan ayaklanmanın lideri olmuştur.

Biyografisi ;

Black Mesa Facia'sı olduğunda Gordon Freeman 27 yaşındaydı. Bağımsız bir şekilde MIT'den mezun olmuş ve doktora derecesinde bir teorik fizikçi konumuna gelmiştir. Observation of Einstein-Podolsky-Rosen Entanglement on Supraquantum Structures by Induction Through Nonlinear Transuranic Crystal of Extremely Long Wavelength (ELW) Pulse from Mode-Locked Source Array (ışınlanma ile ilgili birşey sanırım) konusunu kendisine tez olarak seçmiştir. Seattle ve Washington'da kuantum mekaniği ve görelilik kuramı üzerine çalışmalar yapmıştır. Kendisine kahraman olarak seçtiği kişilerse Albert Einstein, Stephen Hawking ve Richard Feynman'dır. Innsbruck'da ki Deneysel Fizik Enstitüsü'n de deneylerine devam eden Freemani ışınlanma konusunu iyice takıntı haline getirmiştir.
Sonunda akademik derecede ilgilendiği ışınlanma konusunda hayal kırıklığı yaşayan Freeman, kendisine eğitim sektörü dışında iş aramaya başlamıştır. Daha sonra tesadüfi bir şekilde Freeman'ın MIT'den akıl hocası olan ve çok gizli bir araştırma projesinin sorumluluğunu alan Dr. Isaac Kleiner, Freeman'a Black Mesa Research Facility olarak bilinen bir entegre araştırma tesisinde iş önermiştir. Freeman'da kendi araştırması olan astrofizik ve kuantum mekaniği konusunda fon bulmak umuduyla işi kabul etmiştir.
16 Mayıs 1998'de Gordon Freeman, New Mexico çölünde bulunan Black Mesa Research Facility'de, Araştırma Ortağı olarak Level 3'de işe başlamıştır. Freeman, Black Mesa South Wing'de 309 nolu odaya yerleştirilmiştir.
Anormal Materyaller bölümüne atanan Freemani burada atomaltı ve nükleer maddelerle ilgili araştırmalar yapmıştır. Prestijli bir yer olan MIT'den doktora almasına rağmen Freeman uzmanlık gerektirmeyen basit işlerde çalıştırılmıştır.

Olayların Başlangıcı ;

16 Mayıs 1998, saat 07.30'da hologram asistanlığı yapacağı için HEV Suit Eğitimi almaya gitmiştir. Saat 08.47'de Level 3'ye gitmek için tramvaya binmiştir. Ancak 30 dakika geç kalmıştır. Saat 09.00 civarında Freeman ve ekibi Sektör C'de Anti-Kütle Spektrometresi'ne örnek olması için GG-3883 adıyla bir deneme yapmaya karar vermiştir. Deneyde ters giden bir durum Rezonans Kaskad'ı tetiklemiş ve bunun sonucunda uzay-zaman sürekliliği içindeki uzaylı yaşam formları Black Mesa'nın içine girmeye başlamıştır. Tesise giren yaratıklar buldukları her insanı öldürmeye başlamıştır. Freeman bu olaylarda iki olay arasında sıkışıp kalmıştır. Tesise yayılan tehlikeli uzaylılardan kaçmak, diğer tarafta da tesisteki uzaylıları ve olayla ilgili herhangi bir tanık kalmaması için tesisteki tüm bilim adamlarını öldürmek üzere gönderilmiş Tehlikeli Çevre Savaş Birimi ile savaşmak zorunda kalmıştır. Freeman, bu tip tehlikeli işlerle alakası olmamasına rağmen hayatta kalmak için cesurca savaşmıştır. Hayatta kalan bilim adamları ve güvenlik görevlilerini de HECU'ya yönlendirmiştir.
Sayısız zorluk, uzaylı ve askerle uğraşan Freeman, Lambda Takımı'na ulaşmayı başarmıştır. Bilim adamlarıyla görüşen Freeman bu olaylara bir son vermek üzere uzaylıların geldiği Xen'e gitmiş ve uzaylıların lideri Nihilanth'ı mucizevi bir şekilde öldürmüştür. Bundan sonra Freeman tüm macerası boyunca uzaktan gördüğü gizemli adam G-Man ile karşılaşmıştır. G-Man, Freeman'a onu izlediğini söylemiş ve ona iki seçenek sunmuştur : Ya kendisinin emri altında çalışacaktır ya da silahsız bir şekilde Xen'deki yaratıkların içinde ölüme terkedilecektir. Gordon'da bu teklifi kabul etmek zorunda kalmıştır. Gman, Gordon teklifi kabul ettikten sonra onu bilinmeyen zamansız bir boşluğa hapseder.

Onbaşı Adrian Shephard 22 yaşında Santego Askeri Üssünden, Tehlikeli Çevre Savaş Birimi'ne (Hazardous Environment Combat Unit) atanan bir onbaşıydı. Arizona'da eğitim görmüştür. Sessiz,ciddi ve kararlı bir yapıya sahiptir. Black Mesa'ya Xen'den gelen yaratıkları ve buna şahit olan tüm Black Mesa çalışanlarını öldürmek amacıyla gönderilmiştir. Bunun dışında bir görevi daha vardır o da Gordon Freeman'ı öldürmektir. Çünkü Black Mesa'dan canlı çıkacağı düşünülmektedir ve susturulması gerekmektedir.

Bir süre sonra ters giden olaylar sonucu görevlerini bir kenara bırakıp tamamen kendi yaşamını sürdürmek amaçlı savaşmaya başlamıştır. Bu olaylardan sonra o da tıpkı Gordon gibi Kara Liste'ye girmiştir. Bir ara tam Gordon Freeman'ı bulduğu anda öldürecekken Gordon Freeman boyut kapısından geçerek Xen'e ışınlanır. Böylece Shephard'ın Gordon'u öldürmesi artık imkansızdır ve Gordon kurtulmuş olur. Tabiki Gordon peşinde Adrian Shephard'ın olduğunun farkında değildir. Adrian Shephard bir süre sonra Black Mesa'yı yokedecek bir nükleer silah olduğunu öğrenmiş ve o silahı etkisiz hale getirmiştir. Ancak bu Gman'in gizli amaçlarına ters düşmektedir ve Gman kendi elleriyle nükleer silahı tekrar aktif eder. Böylece Black Mesa'nın büyük yıkımı gerçekleşmiş olur. Gman tıpkı Gordon'dan etkilendiği gibi Adrian Shephard'ın yeteneklerinden etkilenir ve onunla iletişime geçer. Gman Shephard'ın sayısız yetenek ve potansiyali olduğunu söyler ardından konuşma bittikten sonra tıpkı Gordon'a yaptığı gibi Adrian Shephard'ı da bilinmeyen zamansız boşluğa hapseder. O olaydan sonra Shephard'a ne olduğu, boşluktan çıkıp çıkmadığı veya çıktıysa nereye gönderildiği hiç bilinmemektedir. Bu da Gman'in gizemlerinden biri olarak kalmıştır.

Barney Black Mesa'da güvenlik görevlisi olarak çalışan sıradan bir elemandır. Martinson Kolejinde geçirdiği 2 kararsız seneden sonra ayrılıp Black Mesa Araştırma Tesisinde seviye 3'te göreve başladı ve Alan 8'deki ana yurtta kaldı. Gordon Freeman, Isaac ve diğer Black Mesa çalışanlarıyla arkadaştı. Koruma tahsis bölümlerini koruma, genel bakım yapılması ve gerektiğinde bilim adamlarının korumalığını yapmakla görevlendirildi. Lauren adında bir kız arkadaşı veya karısı olduğu düşünülmektedir.

Birgün yurttan ayrılıp 3. Seviyedeki mavi vardiyasına gider saat 09:00 civarıdır. Xen taşının incelendiği sırada oluşan Rezonans Kaskad sonrasında ciddi olayların geliştiğini anlar ve Black Mesa'dan kaçmaya karar verir. Dr. Rosenberg'i bulur ve esir tutulduğu askerlerin elinden kaçmasına yardımcı olur. Dr.Rosenberg Barney'e Black Mesa'dan kaçış planını anlatmaya başlar ve Barney bu konuda ona her şekilde yardım etmeye kararlıdır. Işınlanma cihazının kontrol cihazı malesef Xen'e götürülmüştür ve tek teleport yolu Xen'e çıkmaktadır. Işınlanma cihazını aktif etmek ve doğru olarak çalıştırıp kaçmak için gereken şey Xen'e gidip cihazı yönlendirmek ve aktifleştirmektir. Barney Xen'e giderek yedek güç kaynağını bulur şarj eder ve cihazı Black Mesa dışındaki biryere yönlendirir. Dr.Rosenberg Black Mesa'daki teleportu çalıştırır ve bu teleport sayesinde sadece Barney ve Dr.Rosenberg değil, Dr. Eli ve Isaac Kleiner gibi birçok kişi Black Mesa dışına çıkarak kurtulur. Sonradan dünya Combine güçlerinin saldırısı altına girince dünyaya geri döndürülen Gordon Freeman ile karşılaşır. Black Mesa ile City 17 zamanları arasında Barney'in ne yaptığı bilinmemektedir. Barney artık işinin ehli olmuştur hatta Combine askeri kılığına girip onlardan biri gibi davranmaya bile başlamıştır. Dr.Eli ve Isaac Kleiner ile sürekli iletişim halindedir ve Combine güçlerinin ne yapacağını söyleyerek , baskınlar hakkında uyarılar yaparak veya Combine güçlerini yanıltacak işler yaparak birçok şey başarmıştır. En son Citadel'in patlayacağını bildiği için Tren İstasyonunda trenle kaçarken görülmüştür. Kaçarken Gordon'a seni ne zaman görürsem o zaman görüşürüz diyerek uzaklaşmıştır ve sonrasında ne olduğu bilinmemektedir.

Dr.Kleiner diğer bir deyişle "Dalgın ama Dahi Bilim Adamı" hem dünyada hem de Black Mesa'da en çok tanınan ve hatrı sayılır bilim adamlarındandır. Işınlanma teknolojisini insanlığa kazandıran bilim adamıdır. Aynı zamanda üretken bir yazardır. Black Mesa faciasından kurtulan sayılı bilim adamlarındandır ve Combine güçlerine karşı direniş gücünün birinci sınıf üyesi olmuştur.

Kleiner eskiden Gordon Freeman'in akıl hocalarından bir tanesiydi ve MIT profesörüydü. Kleiner her zaman Gordon'un yaptıklarını ve başarılarını beğendiğini söyleyip takdir etmiştir böylece Gordon ve Kleiner çok uyumlu bir ikili olmuştur. Kleiner daha sonra Black Mesa Araştırma Tesisinin Sektör C Test Laboratuar'ında Eli Vance ile çalışmaya başlamıştır aynı zamanda güvenlikçi Barney Calhoun ile yakın arkadaş olmuştur. "Sonraki Kuantum Fiziği Seviyesi" adlı kitabı sayesinde Populer Scientist dergisinde kapak olmuştur ve ödül almıştır.

Gordon iş için Black Mesa'ya geldiğinde, Kleiner onu İşe Alma Bölümü'ne götürmüş ve istihdam için Freeman'i tavsiye etmiştir. Freeman'in tecrübesi olarak Avusturya Innsbruck'da ki Deneysel Fizik Enstitüsü'ndeki tecrübelerini göstermiştir. Gordon istihdam için kabul edilir ve Black Mesa'da Dr.Kleiner'ın yanında işe başlamıştır böylece 2 ışınlanmaya kafayı takan bilim adamı artık beraber hareket etmektedir. Bu arada Arne Magnusson Dr.Kleiner ile para kazanma rekabetine girmiştir.

Kleiner Black Mesa faciasından önce Sektör C'deki İdari İşler bölümünde görünmüştü burada birçok belgeyi inceliyordu. Bu belgelerden bazılarını incelediğinde Barney'in Mavi Vardiyaya (Blue Shift) atanma belgesini ve Colette Green'in kristali değiştirme görevini gördü. Kleiner Hazardous Environment'te süpervizör olarakta çalışmaktaydı. Gina Cross'un Colette Green'a gönderdiği Hazard Course Eğitim Programında bahsedildiği üzere Kleiner Green'i 9 Mayıs 200- tarihinde Hazardous Materials'da(Tehlikeli Madde) çalışmak üzere görevlendirmişti. Bazı sebeplerde dolayı bu çalışma Haziran ayına ertelenir ancak 19 Mayıs'ta yaşanan Black Mesa faciasından dolayı böyle birşey hayal olarak kalmıştır.

Tam olarak nasıl oluştuğu anlaşılamayan Rezonans Kaskad'dan sonra Isaac Kleiner, Eli Vance ile birlikte Black Mesa'dan kaçmayı başarmıştır. Daha sonra Isaac Kleiner, Eli Vance, Judith Mossman ve Barney Calhoun ile birlikte Yerel Direniş örgütünü kurup City 17'ye doğru yola çıkmıştır. City 17'ye girerken Isaac Kleiner çitin üzerinden atlarken problem yaşanmıştır. Isaac ölecekken Eli Vance Isaac'i kurtarmaya çalışmıştır bu sırada bir Bullsquid tarafından saldırıya uğramış ve Eli Vance'in bacağı koparılmıştır. (daha sonra kendine protez bacak yapıp onu giymiştir) Kleiner terkedilmiş bir Kuzey Petrol binası altında küçük bir laboratuar kurmuştur. Isaac Black Mesa East'te Judith ve Alyx ile çalışan Eli ile daima temas içinde olmuştur ve bu ikili sürekli olarak ışınlanma üzerine çalışmıştır. Barney, Isaac'in laboratuar'ı Combine'lar tarafından farkedilmediği zamanlarda Isaac ve Eli'nin çalışmalarını güvenli kılmak için Combine kılığına girip onların arasında durmuş, istihbarat sağlamış ve hatta Combine'ları başka yerlere de yönlendirmiştir. Bu sırada Kleiner'ın ışınlanma çalışmaları sonuç vermiştir ve ilk ışınlanma denemesini bir kedi ile yapmıştır. Test kedinin ölümüyle sonuçlanmıştır ancak Kleiner buna rağmen çalışmalara yoğun şekilde devam etmiştir. Bu sırada Kleiner bir headcrab bulmuştur onu sahiplenip evcilleştirmiş ve adını Lamarr koymuştur. Sonraki zamanlarda Isaac Kleiner vatandaşları kurtarmak ve Black Mesa East'e tahliye etmek için Underground Railroad yolunda Barney ile çalışmıştır. Gordon'un geri döndüğü zamana yakın ışınlanma çalışmalarını tamamlamıştır.

Aynı esnada HEV Suit'i geliştirmiş ve kullanışını kolaylaştırmıştır. Nihayet Gordon Alyx'in yardımı ile Isaac'in laboratuarına gelmiştir ve Isaac onu Black Mesa East'teki Eli'nin yanına direniş gücüne katmak için göndermeyi düşünür. İlk önce geliştirdiği HEV Suit'i Gordon'a verir ardından kendi ürettiği ışınlanma cihazı ile birlikte Gordon'u Eli'nin yanına göndermeyi dener ancak tam ışınlanma sırasında Isaac'in headcrabı bir anda cihaza doğru atlar ve herşey altüst olur. Gordon mekanlar arası gidip gelir nereye çıkacağı belirsizdir. Isaac'in müdahaleleri sayesinde laboratuara yakın biryere ışınlanır. Combine'ların laboratuarı tespit etmesi ihtimaline karşın Isaac'in laboratuardan ayrılması gerekmektedir ve City 17 isyan ve direniş güçleri tarafından devrilmedikçe Isaac geri gelmeyecektir. Barney aynı zaman diliminde silahlanıp cephelerde lider olarak direniş güçlerinin ayaklanmaları yönetir.

Isaac,Alyx ve Gordon Citadel'in tepesindeki portalı patlattıklarından sonra arada bir video yolu ile Alyx'le bağlantı kurar. Arada sırada televizyonlarda da konuşmaları görülmektedir. Eli ile Isaac yanyanadır bu yayınlar White Forest'ten yapılmaktadır. Bir süre sonra Judith Mossman kayıp gemi Borealis hakkında birkaç şey bulur ve Eli ile Isaac'e bildirir. Isaac Kleiner bu kayıp gemiyi buldukları için çok sevinir. Onu incelemek için çok hevesli olduğunu ve eğer başarabilirlerse o teknolojiyi Combine güçlerini yoketmek için kullanabileceğini söyler ancak Eli o gemiden korkmaktadır. O geminin Black Mesa olayıyla aynı düzeyde bir felaket getireceğini düşünmekte ve asla incelenmeden yokedilmesi gerektiğini söylemektedir. Isaac ve Eli sırf bu fikir uyuşmazlığı yüzünden tartışırlar. En son olarak Citadel'in tepesindeki portalı yokettikten sonra oluşan süperportal'ı yoketmek amacıyla füze gönderilirken görülür. Isaac White Forest'te ve hayattadır.

Eli Vance 50-60 yaşları arasında bir Afroamerikandır. Bacağını kaybetmesinden dolayı(Black Mesa olayından sonra) protez bacak giymektedir. Harvard Üniversitesinde yüksek lisans yapmıştır. Black Mesa Araştırma Tesisinde Sektör C'deki anormal materyaller bölümünde çalışmaktadır. Kendisi bir fizikçi ve araştırmacıdır. Karısı Azian ve kızı Alyx ile Black Mesa'nın içinde yaşamaktadır.

Gordon Freeman ile deney öncesi birçok kez karşılaşmıştır. Deneyden önce Gman'in Eli Vance ile konuştuğu görülür ve Gman bu konuşmada Eli'ye Black Mesa faciasının yaşanmasına neden olacak olan Xen taşını verir. İneleme sırasında Black Mesa olayı patlak verdiğinde, Eli, kızı ve karısı ile Black Mesa'dan kaçmaya çalışmıştır. O sırada bizim bilmediğimiz bir olay yaşanmış ve Alyx ile karısı geride kalmıştır. Gman'in Eli Vance'a bir teklif götürdüğü ve bunun karşılığında Alyx'in Black Mesa'dan canlı çıkarabileceği düşünülmektedir. Gman Gordon ile konuşurken sözlerinin arasında Alyx için "Onu Black Mesa'dan çıkardığımda birçok eleştiri aldım. Çünkü çok küçüktü ve hiçbir iş için kullanılabilir bir durumda değildi." sözlerini sarf etmiştir. Black Mesa'dan Isaac Kleiner ile birlikte kaçtıktan sonra dünya istila edildiğinde City 17'deki Black Mesa East direniş grubunun lideri olmuştur. Eli, Dr. Isaac Kleiner'ı kurtarmaya çalışırken bir Bullsquid yaratığı tarafından bacağı koparılmıştır. Bu kopan bacağı yerine protez bacak takmıştır. Alyx daha çocukken onu koruması amacıyla Dog denilen robotu tasarlamış ve üretmiştir aynı zamanda Gravity Gun'ın tasarlayıcısıdır ve Isaac Kleiner'ın ışınlanma silahında onunda emeği vardır. Vortigauntlar Dr. Eli için bizim ilk işbirlikçimiz diye hitap etmişlerdir. Gordon'un gerçekleştiği onca olaydan sonra Citadel'in patlamasından sonra ortaya çıkan portalı tamamen yoketmek için Citadel'e bir füze göndermiştir ve başarılı olmuştur. Bir süre sonra Gman Gordon ile tekrar iletişime geçtiğinde Alyx baygınken ona "Prepare for unforeseen consequences" "Öngörülemeyen sonuçlara hazırlan." sözünü iletmesini söyler. Alyx babasıyla görüştüğünde istemsiz bir şekilde birden bu sözler ağzından dökülür. Bunu duyan Eli fenalaşır ve Gordon'a bu sözü ilk duyduğunda Black Mesa olayının yaşandığını, onun kızı Alyx'in beynine hükmettiğini ve onu kullandığını söyler. Eli Vance bu olaydan birkaç dakika sonra Gordon ve Alyx ile yoketmek istediği sır dolu gemi Borealis'e doğru yola çıkacakken Combine güçlerindeki ****or'lar tarafından kızının önünde öldürülür.

Alyx, Eli Vance ve Azian Vance'in kız çocuğudur. Çocukken Black Mesa Araştırma Tesislerinin yurtlarında annesi ve babası ile yaşamaktaydı. Eli Sektör C Test Laboratuarlarında çalışırken meydana gelen Black Mesa faciasında bilinmeyen bir şekilde yanında aile fotoğrafıyla Black Mesa'dan kurtulmuştur. Boynunda annesinin hediye ettiği kolyesi bulunmaktadır ve bu kolyeyi asla çıkarmaz. Black Mesa faciasından kurtulmasının arkasında Gman vardır. Bunu hem Gman hemde Eli söylemektedir. Gman onu daha çocukken Black Mesa'dan çıkardığı için birçok eleştiri aldığını söylemiştir. Alyx olay sırasında çok küçük olduğu için Gman'i ve olayları hatırlamamaktadır. Eli ise Alyx'e asla nasıl kurtarıldığını anlatmamıştır. Alyx annesini malesef Black Mesa olayında kaybetmiştir geriye birtek babası kalmıştır. Alyx Black Mesa East'te babası tarafından yetiştirilmeye başlandı ve babası Alyx'i koruması amacıyla Dog denilen robot sistemini tasarlayıp üretti. Bu robot ilk zamanlar 1 metre iken sonradan üzerine eklenen teknoloji ve aletlerle 2.5 Metre boyuna ulaşmıştır ve çok hareketlidir. Alyx aynı zamanda Dr. Kleiner ile çok iyi anlaştı ve ona Amca Kleiner demeye başladı.

Yetişkinliğe eriştiğinde hackleme ve yazılım konusu üzerinde kendini geliştirmiştir ve direnişçilerin kullandığı kanallar aracılığıyla Black Mesa East'ten kaçıp City 17'ye gelmiş ve Dr. Kleiner ile Barney'e yardım etmiştir. Bir süre Dr.Kleiner'ın yanında çalışmıştır. Bu sırada yolu bilmeden yola çıkan Gordon Freeman'in haberini alır ve ona yardım etmek amacıyla yerini öğrenir ve tam Gordon Combine güçleri tarafından yakalanacakken Gordon'u bulur ve kurtarır. Birçok yerde Gordon'a yardım edip kurtulmasını ve yolu bulmasını sağlar. Uzun ve zor yolculuktan sonra Alyx Gordon'a karşı güzel şeyler hissetmeye başlar. Gordon ile birlikte Citadel'in tepesindeki Karanlık Fizyon Reaktörünü yoketmeye kadar giderler ancak patlama daha onlar kaçamadan gerçekleşir ve ölümle yüzyüze gelirler. Tam o anda Gman tekrar Gordon ile iletişime geçerek iyi bir iş yaptığını söyleyerek onu tekrar bilinmeyen zamansız mekana hapseder. Alyx'i ise Dr.Eli'ye minnet duyan Vortigauntlar kurtarır. Dr.Eli'nin söylediğine göre Citadel'in çekirdeği patlamak üzeredir ve Gordon ile Alyx'in derhal şehri terketmeleri gerekmektedir. Kısa bir uğraş sonucu şehri tren ile terkederlerken Citadel muazzam bir şekilde patlar ve Citadel'den kilometrelerce uzakta olmalarına rağmen patlamadan etkilenirler, trenin geçtiği köprü yıkılır ve tren köprüden aşağı düşer ancak her ikiside mucizevi bir şekilde hala hayattadır. Tam kurtulmuşlarken bu sefer Alyx Hunter denilen Combine yaratığı tarafından saldırıya uğrar ve çok ağır bir şekilde yaralanır. Vortigauntlar yardımına koşar ve onu iyileştirmeye çalışır. Alyx'in ölümü çok yakındır tam bu sırada tekrar Gman Gordon ile iletişime geçmiştir ve bu konuşma esnasında baygın olan Alyx'in kulağına babasına söylemesi için birkaç söz fısıldar. Alyx'in hayatı karşılığında Gordon'un onu White Forest'a güvenli bir şekilde ulaştırmasını ister. Alyx White Forest'e babasının yanına gittiğinde, babasına bilinçsiz bir şekilde Gman'in kulağına fısıldadığı sözleri söyler ve ondan sonraki birkaç dakika içinde babası Eli Vance bir Combine yaratığı olan ****or tarafından Alyx'in gözleri önünde öldürülür. Alyx'in eskisi gibi olmayacağı artık bilinen bir gerçektir.

Colette Green Black Mesa faciasını yaşayıp olaya karışan bir bilim kadınıdır. Olay esnasında 37 yaşındadır. Black Mesa Araştırma Tesisinde Anomalous Materials Laboratuarında seviye 4 güvenlik izini ile çalışan bir araştırma görevlisidir. Carnegie Mellon'dan mezun olmuştur ve elektrik mühendisliği alanında doktorası vardır. Robotik alanda ustadır ve kişisel HEV Suit'i bulunmaktadır.

Green 11 Mayıs tarihinde (faciadan 8 gün önce) Black Mesa yönetici L.M'den bir not aldı. Bu not Xen taşı GG-3883 ile ilgilidir ve bu taşı beklenmedik spektral analiz dalgalanmalar göstermesine karşın, o sahip oldukları en saf ve en büyük örnek olarak tanımlamıştır. Notta ayrıca örnek GG-3883 yerine simülasyonu olarak örnek EP-0021 kullanılacağı yazmaktadır. L.M örnek için gerekli malzemeleri çok hızlı bir şekilde sağlamaya çalışmış ve işi usulünün dışında yapmıştır. Green bunu farketmiştir ve malzeme taşıma protokolünün bir ihlali olduğunun bilincindedir. Ters birşey yaşanmasından korkuyordur. 14 Mayıs tarihinde deney yapmaya yakın Isaac Kleiner bunun Green için erken olduğunu ve onu Tehlike Kursu Eğitim Programında eğitmesi gerektiğini söyler. Bu nedenle inceleme haziran ayına ertelenir ancak 19 Mayıs tarihinde yaşanan Black Mesa faciasından dolayı bu mümkün olmaz.

Rezonans Kaskad oluşmadan önce Green bir test odasında Hazirana ertelenen deneyin hazırlıklarını yapmaktaydı ve Anti-Kütle Spektrometresi'ni %105 seviyesine getirmişti. Xen taşı Dr.Isaac ve Gordon tarafından incelendiği sırada Green Numune Dağıtım Sistemi'nin Kaldırma Mekanizması bir sıkışıklığı gidermek için Xen taşının incelendiği laboratuar'a girer ve o sırada Rezonans Kaskad oluşur. Felaket sonrasında Green odadan ayrılır. Gina Cross ve diğer çalışanlarla 2 grup halinde Black Mesa'nın içinde hayatta kalmak için silahlanıp savaşmaya başlarlar. Dr. Richard Rosenberg ile yeryüzüne çıkıp askeri yardım çağırırlar. Ardından Dr. Rosenberg ise oluşan rezonans kaskadın büyüyüp çok büyük bir yarık haline gelmesini önlemek amaçlı ters bir rezonans yaratmayı düşünerek Black Mesa'ya geri döner ancak yardım için çağırdığı askerler tarafından esir alınır. Dışarı çıkan Colette Green ve diğer arkadaşlarının hayatta kalıp kalmadığı bilinmemektedir.

Gina Cross, Black Mesa eğitim sisteminde kullanılan holografik görüntü için kullanılan üst düzey fizikçi bir bilim kadınıdır. Gordon Freeman'in HEV Suit eğitimine de katkısı olmuştur. Cross 31 yaşında 4. Seviye güvenlik izini ile çalışan araştırmacı ve Hazardous Environment danışmanıydı. Black Mesa Araştırma Tesisinde anormal malzemeleri Anomalous Materials Laboratuarına taşıyan üst düzey bir fizikçiydi. Caltech'ten mezun olmuştur. Uygulamalı fizik,biyomühendislik ve mekanik mühendislik üzerine doktora yapmıştır. Tan rengi kendine özel HEV Suit'i vardır.

Holografik görüntü sayesinde birçok bilim adamının eğitilmesine katkısı olmuştur. Hatta bu eğitimler Black Mesa faciasında çoğu bilim adamının işine yaramıştır. Black Mesa faciasından önce birçok eğitim planlanmıştır ancak bunların sadece 2si gerçekleşmiştir. Bunlardan biri 13 Mayıs saat 10:00'da gerçekleştirilen ve Gordon Freeman'in denediği ve eğitildiği HEV Suit testiydi. İkincisi ise Richard Keller danışmanlığı altında 15 Mayıs günü saat 20:00'da gerçekleştirilen Mark V HEV Suit testiydi. Diğer testler Black Mesa faciasından dolayı gerçekleştirilememiştir. Rezonans Kaskad oluşmadan önce en son Sektör C Black Mesa Duyuru Sisteminde "Dr Cross, lütfen 729'u arayın." şeklinde duyuru yaptığı duyulmuştur. Gina Cross aynı zamanda Xen taşını laboratuar'a taşıyan kişidir.

Rezonans Kaskad oluştuktan sonra Black Mesa koridorlarında koşarken Colette Green ile karşılaşırlar. Colette Green ve Gina Cross 2 grup halinde silahlanarak yaratıklara karşı koymaya ve Dr. Rosenberg ile yeryüzüne çıkıp askeri yardım çağırmaya çalışırlar. Colette Green ve Dr.Rosenberg yeryüzüne çıkar ancak Gina Cross Black Mesa'nın içinde gözden kaybolmuştur malesef dışarı çıkamamıştır ve içeride ne yaptığı bilinmemektedir. Ancak daha sonra ne yazıktırki Gina Cross'un cesedi Adrian Shephard tarafından Xen gezegeninde bulunmuştur. Gina Cross'un cansız bedeni hala Xen gezegeninde durmaktadır.

Dr.Rosenberg Black Mesa Araştırma Tesislerinde çalışan bilim adamlarından birtanesidir. Barney Calhoun'un yardımıyla Black Mesa'dan kaçmayı başarmıştır aynı zamanda Colette Green ve Gina Cross ile Black Mesa'ya doluşan yaratıklara karşı mücahadele vermiştir. Dr.Rosenberg Anomalous Materials Laboratory ve Lambda Compleksine ileri fizik araştırmaları yapması için atanmıştır. Kendisi Anti-Mass Spectrometer(Anti Kütle Spektrometresi) yani Xen taşının incelendiği cihazın tasarımcısıdır. Black Mesa'ya ciddi yararları dokunmuştur. Deneyler için en yüksek güvenlik iznine sahiptir ve diğer gelişmiş araştırmacılara verdiği talimatlara bakılırsa bilim takımının en üst düzey üyesi olduğu anlaşılabilir. Dr. Rosenberg'de tıpkı Isaac Kleiner gibi ışınlanma üzerine çalışıyordu ve Xen taşını incelerken onun ürettiği cihaz kullanıldığı için ismi Black Mesa faciasına karışanlardan biri oldu.

Rezonans Kaskad oluştuktan sonra Dr.Rosenberg kendini suçlu hissetmiştir ve tüm suçun kendi üzerine yıkılacağını düşünmüştür. Rezonans Kaskad'ın hemen oluşmasından sonra Dr.Rosenberg, Dr.Keller ile konuşur ve personellerin can güvenliğini korumak zorunda olduğunu söyler. Keller ona ilk önce bazı bölgelerin güvenliğinin sağlanmasını ardından personelleri koruyabileceğini ve Dr.Rosenberg'in bunu yapabilceğine inandığını söyler. Sonrasında yeryüzüne çıkıp askeri yardım çağırma planı yaparlar. Bu sırada Dr.Rosenberg bazı bölgelerin güvenliğini sağlamaya çalışırken Colette Green ve Gina Cross ile karşılaştır. Birlikte Black Mesa'ya doluşan yaratıklara karşı koyarlar ve Dr.Rosenberg ile Colette Green yeryüzüne çıkmayı başarır ve askeri yardım çağırırlar. Daha sonra bu oluşan Rezonans Kaskadı engellemek amacıyla Dr.Rosenberg tek başına, Dr.Keller'ın yanına yani tekrar Black Mesa'nın içine döner. Sonrasında askerlerin personelleri kurtarmak için değil tam tersine tesis içinde canlı bulunan herkesi öldürmek için geldiğini ve Black Mesa'nın içini tamamen çalışanlardan ve yaratıklardan temizleyip olayı bastırmak istediklerini öğrenir. Bu plan onu korku içinde bırakmıştır. Diğer bilim adamları Harold, Walter Bennet ve Simmons ile birlikte o Black Mesa'dan kurtulmak için bir kaçış planı yapmaya çalışırlar ancak daha plan tam olarak kararlaştırılmadan askerler Black Mesa tesislerini basar ve Dr.Rosenberg ve Dr.Harold'u yakalayarak sorgulamak amacıyla bir yük vagonunun içine kilitler. Bu arada diğer bilim adamlarında Dr.Harold ölümcül şekilde yaralanmıştır. Barney uzaktan olanları farkeder ve bilim adamlarını kurtarmak için saldırıya geçer ve 2 askeri öldürür. Dr.Harold ölmeden önce Barney ve Dr.Rosenberg'e nasıl kaçabileceklerini anlatır. Ardından aldığı ölümcül yaralar onun yaşamasına izin vermez ve Dr.Harold'un ölümü gerçekleşir. Barney ve Dr.Rosenberg tren istasyonundan kaçarlar. Dr.Rosenberg A-17 Prototip Labs'da kullanılmayan ışınlanma cihazının olduğu bölümde bazı ekipman ve cihazlar olduğunu, bunları kullanabileceğini ve Rezonans Kaskadı tersine çevirebileceğini söyler. Daha sonra Barney ile Prototype Labs'a giderler, Walter Bennet ve Simmons'un son hazırlıklarını yaptığı ışınlanma cihazının yanına gelirler. Dr.Rosenberg Barney'in Xen'e gitmesini ve oradaki röle cihazını aktifleştirerek sistemi çalıştırıp yönlendirmesi gerektiğini söyler çünkü Xen-Dünya geçişleri sırasında bazı cihazlar Xen'e ışınlanmıştır. Barney bunun için Xen'e ışınlanır (cihaz başka yere ışınlayamamaktadır) ve Dr.Rosenberg'in istediklerini yerine getirir. Cihazın röle cihazını aktifleştirir sistemi çalıştırır ve yönlendirir. Portal ile tekrar Black Mesa'ya Dr.Rosenberg'in yanına döner. Dr. Rosenberg cihazı çalıştırır ve Black Mesa Güney Erişim Tünel girişine ışınlanırlar. Tıpkı Barney'in hayatta kaldığı gibi Dr.Rosenberg,Dr.Bennet ve Dr.Simmons'un da yaşadığı tahmin edilmektedir.

Dr.Breen Black Mesa olayı patlak vermeden önce Black Mesa'nın patronuydu. Çoğu çalışan tarafından sevilmez ve çıkarcı kişi olarak görülürdü. Xen taşının incelenme emrinide kendisi vermiştir ancak hiç beklemediği Black Mesa faciası yaşanmıştır. Dünya Combine istilasına uğradıktan sonra da 7 saatlik savaş sonunda tüm dünya güçlerinin yokedilmesi üzerine Combine ırkı ile göstermelik bir Barış imzalamıştır ve Combine ırkı tarafından insanlığın temsilcisi olarak adanmıştır.

Bu barış anlaşması dünyalılar için tam bir felakettir kısacası Dr.Breen Combine ırkı için onların isteklerini yerine getiren ve insanlığın sonlanmasına neden olan çıkarcı bir kişiliktir. Halkı yalanlarla kandırmaya çalışır, combine güçlerinin aslında barışçıl olduğunu, onların isteklerinin masum olduğunu ve onların isteklerini yerine getirdiğimizde bize birşey yapmayacaklarını söylemektedir ancak gerçek hiçte öyle değildir. Dr.Breen'in emri üzerine şehirdeki sulara ilaç katılır ve çoğu insanın hafızasını kaybetmesine neden olur ve geçmişini yaşamaz. Sadece o anı kurtarmaya bakar ancak şehir halkı bunu çoktan farketmiştir. Combine ırkına karşı başkaldıran tüm güçleri yoketmeyi emretmektedir bunların başında da Gordon Freeman gelmektedir. Kısacası Gordon Freeman'i tekrar gördüğünde çok şaşırmıştır ancak onu yoketmek uğruna tüm güçlerini kullanmaya hazırdır. Yakalanan masum insanları ise binbir çeşit acılı yoldan geçirip Combine kölesi yapıp citadelde çalıştırmakta veya Combine güçlerine katmaktadır.

40 yaşladında beyaz tenli bir kadındır. Black Mesa olayından önce gelecek vaat eden çok başarılır bir bilim kadınıydı. Black Mesa olayından canlı kurtulan sayılı kişilerden biriydi. Combine istilası başladığında Direnişçi güçlere yardımcı olmak amacıyla Eli Vance ile ortak olup bilimsel gelişmeler kaydetti. Daha sonra direniş gücü olan Black Mesa East'in önemli bir üyesi oldu.

Alyx Mossman'i sevmemekteydi çünkü Mossman Dr. Breen için casusluk yapmaktaydı. Judith Mossman aslında çıkarları uğruna çifte ajanlık yapan bir kadındı. Her 2 taraftanda faydalanmaktaydı. Gordon Freeman'in geri döndüğünü Dr.Breen'e bildiren kişiydi. Gordon gizli bir şekilde Black Mesa East'e ulaştığında Mossman tekrar Gordon'u Dr.Breen'e ispiyonlar ve Combine güçleri Black Mesa East'e saldırı düzenler. Eli Vance böylece Mossman'den şüphelenmeye başlar. Bir süre sonra Gordon Citadel'de Dr.Breen'in yanına podun içine getirildiğinde Dr.Breen'in yanında Judity Mossman durmaktadır ve Gordon Freeman'e şöyle der. "İşe yaramayan mücadelenize devam etmeyin,bu sizin başarabileceğiniz birşey değil. Üzgünüm Gordon." Alyx'te Gordon'un yanındadır ve tüm olanlara şahittir. Mossman'e öfkesini kusar. Dr.Breen kaçmaya başladığında ise Gordon ve Alyx peşine düşer. Bu sırada Judith Mossman olacakları tahmin ettiği için Citadel'den kaçar ve şehir dışına çıkar. Daha sonra kaybolan Borealis gemisini duyar ve içinde Combine güçlerine karşı kullanılacak çok güçlü birşey olduğunu duyar. Gizli ve güçlü bir proje ile Borealis gemisine ulaşır. Oradan Eli Vance'e mesaj gönderir ve bu mesajda Borealis gemisinde çok güçlü bir şey olduğunu, bu şeyin şifrelerini çözerse tüm dünya güçlerini yenen 7 saat savaşı gibi Combine güçlerine karşı muazzam bir zafer kazanabileceklerini düşündüğünü , ancak eğer bu şey Combine tarafından bulunursa akla hayale gelmeyecek felaketlerin onları beklediğini söyler. Judith Mossman aslında Eli'ye ihanet etmemiştir. Onun hayatta kalmasını sağlamak ve direnişçilerin direnişi devam ettirmesini sağlamak için her 2 tarafada ajanlık yapıp anlaşmalar yapmıştır. Ancak ne yazıktırki Borealis gemisini aklından çıkaramayan Eli Vance Borealis gemisine doğru yolculuğa çıkmak üzereyken Combine güçleri tarafından kızının önünde öldürülmüştür. Judith Mossman'in hala Borealis gemisinin bulunduğu yerlerde hayatta olduğu düşünülmektedir.

Arne Magnusson 60 yaşlarında gri saçlı beyaz tenli bir adamdır. Telaşlı ve çabuk sinirlenen bir yapısı vardır. Detay manyağıdır,otoriter ve birazda bencildir. Black Mesa'da çalışan ve kurtulan bilim adamlarından biridir. Kurtulduktan sonra Combine istilası gerçekleştiğinde White Forest diye hitap edilen Beyaz Ormandaki direniş güçlerinin lideri olmuştur.

Black Mesa olayından önce bir bilim adamı olarak Black Mesa'da çalışıyordu. Black Mesa'dan nasıl kurtulduğunu kimse bilmemektedir. Combine istilasından sonra White Forest'teki direniş gücüne katıldı ve White Forest'in lideri oldu. Direniş için bilimsel uzmanlığını kullanarak Combine güçlerine karşı kullanılabilecek silahlar üretti. Bunlardan en göze çarpanı ise geliştirdiği Anti-Strider diye adlandırılan roketlerdir. Gordon bu roketleri White Forest saldırıya uğradığında kullanmıştır. Birde Black Mesa / Xen geçişleri sırasında kullanılan ve Black Mesa tarafından önceden geliştirilmiş bir füze vardır. Arne bu füze sistemini Vortigauntlar ile tekrar üretip geliştirmiştir. Dr.Arne Maggusson başarılı bir direnişçi olduğu için Vortigauntlar tarafından büyük saygınlığa sahiptir. Gordon White Forest'e gelir ve Combine saldırılarını Dr.Arne'in ürettiği roketlerle engeller. Combine saldırı dalgası bittiğinde Gordon ile Eli füze odasına gelir ve Dr.Arne'nin tasarladığı füzeyi Citadel'e fırlatır. Dr.Arne en son görüldüğünde hala White Forest'te ve hayattaydı.

Baba Grigori diye adlandırılan bu kişi,zombiler ve headrcrablar tarafından en ağır saldırı alıp en korkunç yer haline dönüşen Ravenholm'de hayatta kalan tek kişi olarak bilinmektedir. Aynı zamanda Ravenholm'daki kilisenin rahibidir. Konuşmalarına bakıldığında az kaçık bir yapısı olduğu görülmektedir. Gordon kabusa dönen Ravenholm'dan geçerken Grigori onu uzaktan izlemiş, yol göstermiş ve onu korumuştur.

Gordon Black Mesa East'e giderken Ravenholm'dan geçmek zorunda kalmıştır. Ravenholm'a gittiğinde bir çok çığlık duyar. Bunlardan bazıları kadın çığlıkları bazıları imdat diye bağıran insanlardır ancak sonradan farklı bir ses farkeder. Ardından silah sesleri duyulur ve bu kişi headcrablar ile çatışmaktadır. Bu kişi Grigori'dir. Father Grigori Gordon'a etraftaki cephane ve sağlık malzemelerinden yararlanabileceğini söyler. Grigori artık işinin ehli olmuştur ve hiçbirşey onu öldürememektedir. Kurduğu zekice tuzaklarla onlarca zombi ve headcrabları avlamıştır. Hatta bazılarını kazığa geçirip yakarak korkunç bir görüntü vererek diğer zombileri oradan uzak tutmayı bile başarmıştır. Kaldığı kilisenin girişine yakıt tanklarıyla alev püskürten bir sistem kurmuştur ve zombi saldırıları olduğunda bu sistemle kiliseyi korumuştur. Bir süre Grigori Gordon'u çatılardan takip eder. Gordon Ravenholm'un en büyük kabusu olan Fast Zombie'ler ile savaştıktan sonra Grigori ile nihayet karşı karşıya gelir. Gordon'un Black Mesa East'e gitmesi için mezarlıktan geçmesi gerektiğini, mezarlıkta sessiz ve saygı sınırları içinde davranması gerektiğini söyler. Birlikte mezarlığa girip onlarca zombinin arasından çoğunu öldürerek geçerler. Gordon Ravenholm'dan çıkmak üzereyken, Grigori Gordon ile birlikte gitmez ve Ravenholm'da kalır. Gordon ayrılırken ona "Devam et,Kimse Ravenholm'da kalmak istemez!" diye bağırır. Grigori Gordon ayrılırken kilisede headcrableri öldürmeye devam etmektedir. Yakıt tanklarıyla yaptığı alev püskürten sistemi tekrar çalıştırır. Grigori hala kahkahalar atıp headcrab öldürmektedir. Kahkahalarla kilisenin bodrumuna doğru geri döner ve gözden kaybolur.

Cave Johnson Uygulamalı Bilimler Şirketi'i Aperture Science'ın kurucusudur.

Gençliğinde başarılı bir girişimciydi ve 1943 yılında ilk şirketi olan Aperture Fixture'un temellerini atmıştı. İlk olarak duş perdesi geliştirip üretmekteydi. İşini çok başarılı bir şekilde yaptığından dolayı baya bir gelişti ve Amerikan Ordusu için özel teknolojik perdeler üretmeye başladı aynı zamanda halk için olan üretimlerine devam ediyordu. Bir süre sonra bir milyoner olmuştu. Zenginliğinin verdiği fırsat ile şirketini genişletmeye başladı ve yeraltında 4KM uzunluğunda tüneller oluşturdu aynı zamanda büyük bir tuz madenini satın aldı. Bu olaydan sonra Aperture Fixture tüm işlerini yeraltında yapmaya başladı. Tıpkı Black Mesa gibi. 1947 yılında daha kapsamlı bir bilim işi yapmaya karar vermiş ve şirketin adını Aperture Science olarak değiştirmiştir. Bilime sıradışı bir şekilde yaklaşmıştır ve 1947 yılında en iyi bilim şirketi ödülünü şirketine katmıştır. Bir süre sonra testlerde aktif rol oynamıştır ve seslendirme, duyuru gibi alanlarda yeni teknolojiler üretmiştir. Bir süre sonra Caroline'i yanına asistan olarak almıştır. Kuantum Tünel Aygıt geliştirme sürecine girmiş birçok çeşit prototipi hızla üretmeye başlamıştır. Bir süre sonra mali bir kriz geçirmiştir ve bunun sorumlusu olarak Black Mesa şirketini göstermiştir. Kendi fikirlerini ve teknolojilerini çaldığını iddia etmektedir.(aslında haklıdırda) 1976 yılında düşük riskli deneyler için gönüllü insan alımına başlamış ve yetim çocukları, ciddi psikolojik hasta olanları ve yaşlıları kobay olarak kullanmaya başlamıştır. 1980 yılına geldiğinde Aperture Science artık tamamen finansal olarak çökmüş durumdadır ve Cave Johnson son bir çare olarak aydan taş getirip incelemeyi ve satmayı planlar ve bunun için çok tehlikeli ve büyük bir yatırım yapar. Şirketin parası bulunmadığı halde Proje için 70 Milyon Dolar harcar. Aydan tozlar ve taşlar getirir ve bunları incelemeye başlar. Ay tozunu Jel olarak üretmeye ve kullanmaya başlar. Aslında başarmıştır çok yararlı birçok şey üretmiştir ancak bunları yaptığı sırada farketmeden aytozundan zehirlenmeye başlamıştır. Bu esnada aytozuna uzun süre maruz kalmasından dolayı beyni hasar görmüş ve yavaş yavaş akıl sağlığını yitirmeye başlamıştır. Bu durumda 3 aşamalı zorunlu geliştirme programı planlamıştır. Bunlar "Heimlich Sayaç Manevrası" , "Gönüllü İstek Vakfı" ve "Kuantum Tünel Aygıt'ının Yenilenmesi"dir. Bunu Aperture Science için zorunlu kılmıştır. Bu süre içinde Cave yinede deneylerinden vazgeçmediği ve tehlikeli şeyler denediği için şirket çalışanlarının öfkesine maruz kalmıştır. Mühendislerine insan bilincini saklayıp muhafaza edecek bir bilgisayar sistemi için çalışma ve araştırma emri vermiştir. Sistem tamamlanmasa bile kendi ölümünden sonra bu projeye devam etmelerini söylemiştir. Cave Johnson bu bilinç sistemi için Caroline'i kullanmalarını emretmiştir. Aytaşı zehirlenmesinden dolayı bir süre sonra ölümü gerçekleşmiştir ve şirketin komutasını,tüm sorumluluğu Caroline'in üstüne yıkmıştır. Caroline bu sorumluluk ve stresten dolayı normal biri olmaktan çıkmış ve psikolojik sorunlar yaşamıştır. Caroline Aperture Science'dan kaçmak istemektedir ve kendi özellikleri GlaDOS denilen bilgisayar sistemine yansıtılmıştır. Ancak ne yazıkki bu özellikler sorunludur çünkü Caroline artık eskisi gibi zeki değil tam tersi delirmeye başlamış bir kadındır. Böylece Cave Johnson'ın ölmeden önce yaptığı bilinç muhafaza eden bilgisayar sistemi planı gerçek olsa bile şirketi geliştirme hayali suya düşmüştür çünkü artık şirketi deli birinin örnek alınarak programlandığı bir yapay zeka yönetiyordur.

Caroline, Aperture Science'ın CEO'su Cave Johnson tarafından "tesisin omurgası" olarak tabir edilmiştir. Cave Johnson 1980'lerin başında aytozu üzerinde deneyler yaparken zehirlenip ölümcül hasta olunca ölmeden önceki isteklerini ona yaptırmaya çalışıp şirketin sorumluluğunu Caroline'in üzerine yıkmıştır.

Caroline, Aperture Science'da ki ilk yıllarından itibaren Cave Johnson'un ölümüne dek onun asistanlığını yapmış ve en yakın arkadaşı olmuştur. Cave'e karşı daima neşeli ve sadık olmuştur. Cave Johnson onu güvenilir, yeterli ve kendini adamış biri olarak tanımlamaktadır hatta daha da ileri gidip bazı konuşmalarında "bilim ile evli" sözcüğünü bile kullanmıştır. Cave çok sıkı çalışırken öleceğini anladığında şirketin geleceği için insan bilincinin aktarılıp kullanılabileceği bir bilgisayar programı yazılımı yani yapay zekayı gerçekleştirme fikrinin üstüne gitmiştir. Çalışanlarına bu yapay zeka üzerinde araştırma ve geliştirme yapmaları emrini vermiştir. Ancak bu şeyin onun ölümünden önce olamayacağını anlamıştır. Bu yüzden çalışanlarına kendisi ölse bile bu proje üstünde yoğun çalışmalarını sürdürme emri vermiştir. Cave Johnson öldükten sonra şirketin sorumluluğunu Caroline'in üzerine bırakacaktır hayalinde bu vardır ancak Caroline'in yapısını biliyordur ve onun bu işi tek başına uzun süre sürdüremeyeceğinden şüphe ediyordur ancak yine de Caroline şirketin başında olması gereken bir isimdir. Bu yüzden Cave Johnson kullanılacak olan yapay zekada Caroline'in örnek alınmasını istemiştir. Böylece şirkete daima yararlı ve zeki bir sistem hakim olacaktır.

Cave Johnson'ın aytaşı zehirlenmesinden ölümü gerçekleştiğinde şirketin sorumluluğu Caroline'in üzerine kalmıştır. Caroline ilk zamanlar iyi olsa bile sonraki yıllar Cave Johnson'ın öngörüleri doğru çıkmaya başlamıştır. Caroline bir süre sonra şirketin sorunları yüzünden değişmeye ve aksi biri olmaya başlamıştır. Cave Johnson ile çok başarılı iken tek başına olayların üstesinden gelememektedir. Bu sırada Cave'in emrini verdiği yapay zeka bilgisayar programı olan GLaDOS programlanmaya devam ediyordur.

Caroline'in bilinci yapay zeka ağına aktarılma zamanı gelmiştir. Caroline'in bilinci yapay zeka aktarılmaya çalışılırken bazı belirsiz ve tanımlanamaz noktalar görülmüştür. Bu bilinç aktarma işlemi Caroline'in genetik özelliklerinin bilgisayar ortamına aktarılması şeklinde oluyordu. Nihayet bir süre sonra yapay zekayı test etme işlemleri başlatılmıştı ancak bir sorun vardı. Bu yapay zeka (GLaDOS) ne zaman aktif edilse neredeyse 1 piko saniye içinde bağlı bulunduğu sistemde bilim adamlarını öldürmeye yönelik işlemler yapıyordu. Bilim adamları bu yapay zekanın son derece kararsız ve tehlikeli olduğunu anladılar. Caroline'in bilinci bilgisayar ortamına programlanırken Caroline'in bilinçaltının buna neden olduğu tahmin edilmektedir ve GLaDOS adlı yapay zekanın Caroline'in gerçektende özgün kişiliğini yansıtıp yansıtmadığı tam olarak bilinmemektedir. Caroline GLaDOS'un tam olarak aktif edildiği bir zamanda ölmüştür. Ölüm nedeni bilinmemektedir. Geride bıraktığı GLaDOS yapay zeka sistemi beklenilenin çok dışında ve farklı bir sistem olmuştur. Cave Johnson'ın büyük hayali malesef büyük bir kabusa dönüşmüştür.

Chell 1990'lı yıllarda doğmuştur. Aperture Science'a Gün Bilim fuarına ilk okul zamanında gelmiş ve patatesleri filizlendiren deneylere katılmıştır. Bu deneyde diğer deney yapan çocuklara göre daha ileri düzey olduğunu kanıtlamıştır. Diğer çocukların patatesleri filizlenip bir süre sonra çürürken Chell'in ki tıpkı bir ağaca dönüşmeye başlamıştır. Chell, GLaDOS'un aktif edildiği tarihte Aperture Science Deney Deneği listesinde 1498 numaralı denek olarak uyutulmaktadır. 20 yaşlarında zayıf, açık tenli ve siyah saçlı bir kadın olmuştur. Çıplak ayaklarına Gelişmiş Diz Değiştirme protezleri bağlıdır. Aperture Science'ın denekleri (kobayları) arasındadır. GLaDOS yapay zeka yazılımı tüm şirketi kilitleyip çalışanları nörotoksin ile zehirledikten sonra hayatta kalan tek bilim adamı Doug Rattmann Chell'in bilgilerine ulaşmıştır. Bu bilgilerde bazı şeyler Chell'in bir Aperture Science çalışanının çocuğu olduğunu ima etmektedir. Aynı zamanda özelliklerinde anormal derecede inatçı, hırslı ve asla vazgeçmeyen biri olarak tanımlanmaktadır.

GLaDOS yapay zekasının yaptığı katliamdan sonra hayatta kalan tek Aperture Science çalışanı bilim adamı Doug Rattmann GLaDOS'u durdurmanın yollarını aramaktadır. Doug Rattman GLaDOS'a karşı koyacak güçte değildir ve havalandırma boşluklarında kuytu yerlerde GLaDOS'tan saklanarak yaşamaktadır. Bir süre sonra GLaDOS'u durdurabileceği bir yöntem bulmuştur. Bir süredir şüphelendiği Chell isimli deneğin bilgilerine ulaşır. Chell'in diğer deneklerden farklı bir özelliği olduğunu bilmektedir. GLaDOS'un denek listesine girer ve Chell'in bilgilerine ulaşır. Chell'in bilgilerinde anormal derecede inatçı, hırslı ve asla vazgeçmeyen cümleleri yer almaktadır. Chell tüm denekler içinde en inatçısı olarak görünmektedir. Bunu gören Rattmann bu deneğin en iyi deneklerden biri olduğunu ve GLaDOS'u zorlayabileceğini düşünür. Chell denek listesinde 1498 numarada yer almaktadır ancak Rattmann listeyi değiştirir ve Chell'i 1 numaraya alır. Böylece Chell en kısa zamanda GLaDOS'a karşı mücahadele verecektir. GLaDOS yapay zeka yazılımının şirketin yönetimini ve Zenginleştirme Merkezini devralmasından ve Combine ırkının dünyayı işgal etmesinden bir süre sonra Chell'i uyutulduğu tonoz yapının içinden uyandırır. El İçin Düzenlenmiş Portal Cihazı'nı Chell'in almasını sağlar ve onu test kabinlerine götürür. Teker teker bulmacaları çözüp testleri geçmesini izler. Test kabinlerindeki konuşmalarda GLaDOS'un sesi sürekli arızalı gelmektedir.

Chell 16 numaralı test odasına geldiğinde gizlenen ve akli dengesini kaybetmiş olan Aperture Science çalışanı Doug Rattmann'ın duvarlara yazdığı yazıları görür. En önemlisi mesaj ise "Pasta bir yalan" sözüdür ve çoğu yere defalarca yazılmıştır. Aynı zamanda çizdiği resimler Rattmann'ın yapay zekaya sahip Companion Kübüne duygusal olarak bağlandığınıda göstermektedir. Bazı notlarda Companion küplerinin ve Portal Cihazının 4000 Kelvin (3726 Santigrat derce) ısı değerine kadar erimediği belirtilmektedir.

Chell tüm testleri tamamladığında GLaDOS onu pasta ile ödüllendireceğini söylemiş ve bir odaya doğru ilerletmeye başlamıştır. Ancak Chell'i ödülü olan kek değil, yanan bir infaz fırını karşılamıştır. GLaDOS, Chell'e panik yapmamasını ve çaresizlik içinde pes etmesini söylemiştir. Chell bunun yerine zekasını kullanmıştır. "Asla pes etmez" diye nitelendirilen denek böylece kendini bir kez daha kanıtlamıştır. Chell, Portal Cihazını akıllıca kullanıp şirketin bakım alanlarına kaçar. Terkedilmiş ve çürüyen bakım alanları, havalandırmalar ve makinaların çalışma bölümlerinden geçer. Doug Rattmann, Chell'in kurtulacağını düşündüğünden emin olduğu için bu yollara ona rehberlik edecek yazılar yazmıştır. Bir süre sonra Chell bu yollardan geçerek GLaDOS çekirdeğinin olduğu odayı ve bağlı bulunduğu asıl platformu bulur. GLaDOS, Chell'i öldürmek için sürpriz yapmaya çalışır ve Ahlak çekirdeğini kendisinden kopararak yere atar. GLaDOS bu çekirdeği hiç bilmediğini iddia eder. GLaDOS en başından beri Ahlak çekirdeğini devre dışı bırakmıştır ve bu kadar acımasız olmasının sebeplerinden biri budur. GLaDOS bu çekirdeği fırına atar ve yok eder. Bu GLaDOS'un hoşuna gitmiştir ve roket atarlı bir sistemle Chell'e saldırmaya başlar aynı zamanda Nörotoksin salgınını başlatmıştır. Birkaç dakika içinde Chell ölecektir. Chell Portal cihazını akıllıca kullanıp roketleri GLaDOS'a yönlendirir ve diğer çekirdekleri üzerinden alıp imha eder. Son çekirdeğin imha edilmesinden sonra GLaDOS'un bağlı bulunduğu platformda nörotoksin boruları patlar ve etrafı bu gaz sarar. Ardından GLaDOS'un bağlı olduğu platformun tepeside aşırı güç yükleniminden bir portal oluşur ve bu portal GLaDOS'un odasının içindeki herşeyi odanın tavanını yararak bir vakum gibi çekip dışarı atar. GLaDOS parçalanmış haldedir. Chell'de bu vakum etkisiyle Aperture Science'ın dış kısmına savrulmuştur. Baygın şekilde yerde yatmaktadır.

Doug Rattmann saklandığı yerden muazzam bir gürültü duyar ve Chell'in başardığını anlar. Sevinç içinde özgürce şirketin dışına çıkar ancak başka bir yapay zekaya sahip çekirdek tarafından Chell'in Aperture Science'ın içine tekrar çekildiğini görür. Özgürlüğe kavuşmasını Chell'e borçlu olduğunu ve onu bir piyon gibi kullandığını düşünür. Pişmanlık duyarak onu kurtarmak için tekrar şirketin içine döner. Chell tekrar içerde bir odada denek olarak uyutulmaya başlanmıştır. Ancak bir sorun vardır. Patlamanın etkisiyle elektrik şebekeside zarar görmüştür ve enerji bir süre sonra bitecektir. Enerji bittiğinde ise Chell'in bağlı bulunduğu yaşam destek ünitesi duracaktır buda Chell'in ölümüne neden olacaktır.

Doug Rattmann diğer enerji kaynağı jeneratörü devreye sokmak için yola çıkar ancak yolda turretler tarafından bacağından vurulur. Soğutucu odasına zar zor ulaşır ve yedek enerji sistemini yaşam destek ünitesine bağlar. Yaşam destek ünitesi ve oda soğutma sistemleri tekrardan açıldığı için Chell'in uyutulduğu uykudan ne zaman uyanacağı belirsizleşmiştir ve tamamen sistemin rastgele işleyişine bağlıdır. Bu olaydan sonra yaralanmış olan Rattmann deneklerin tutulduğu mekana gelip bir dinlenme kabinin içine yatar. Sonrasında uyanıp uyanmadığı bilinmemektedir. Chell ise uyumaya devam etmektedir.

Yaşam destek ünitesine bağlı olarak yaklaşık 100 yıla yakın bir süre boyunca uyutulmuştur. Uyutulma yerine dondurulma tabiri daha yakın gelmektedir çünkü Chell'in vücudu yaşlanmamıştır. Bunun nedenki denekleri uyutulurkenki kullanılan teknolojidir. Chell uyandığında ona Wheatley (kişilik) çekirdeği rehberlik eder. Onun odadan kurtulmasını ve Portal silahına ulaşmasını sağlar. Tesis yıkıntı halindedir ve harabeye dönmüştür. Bu süre içinde bazı bölgeleri su basmış, çoğu yerde yeşillenmiştir. Chell ve Wheatley çekirdeği ilerlerken yanlışlıkla GLaDOS'un odasına gelirler ve GLaDOS her nasılsa içeri çekilmiş ve ağır hasarlı bir halde kapalı olarak durmaktadır. Wheatley'in sakarlığı sayesinde GLaDOS tekrar aktif edilir ve çalışmaya başlar.

Chell Wheatley'in yardımı ile GLaDOS sistemini uzun süren uğraşlar sonucu devre dışı bırakır. GLaDOS çekirdeği platformdan çekip koparılır ve Chell'in kaçmasına yardımcı olan Wheatley(kişilik) çekirdeğini GLaDOS platformuna yerleştirir. GLaDOS ise dev bir platformda değil sadece bir patatese monte edilmiştir. Chell artık özgürlüğüne kavuşmuş olduğunu düşünmektedir ancak tekrar yapay zekanın hainliğine uğrar ve platform'a gelen Wheatley çekirdeği Chell'i zor testlerden geçirmeye başlar ve en sonunda onu öldürmeyi dener. Chell kendisini önceden öldürmeye çalışan GLaDOS ile bu tuzaklardan kurtulur. En sonunda tekrardan Wheatley'in bağlı bulunduğu odaya gelir ve portal cihazıyla Wheatley çekirdeğini devre dışı bırakmaya çalışır. O odada Wheatley'i devre dışı bırakmaya çalışırken bir patlama sonucu yaralanır. Üs tekrar dağılıyordur bazı bölgeler yıkılmaya başlar hatta içinde bulunduğu odanın tavanı uçar ve ay görünür. Chell son bir çaba ile portal silahına ulaşır ve o an odada başka ateşleyeceği yer olmadığı için silahı aya doğru ateşler ve beklenmedik birşey olur. Ayda portal açılmıştır ve portalın diğer ucu odadadır. Odada çok kuvvetli bir çekim başlar içeride ne varsa ayın boşluğuna fırlamaktadır. Chell bu vakuma karşı koyamaz ve portaldan geçerek ay yüzeyine çıkar neyseki son anda Wheatley çekirdeğine tutunur. Wheatley çekirdeği ise kordonlarından kopmak üzeredir. GLaDOS önceden sisteme bağlanmıştır ve Wheatley'e sert bir şekilde vurarak onu ayın yüzeyine fırlatır. Chell tam ayın yüzeyine uçacakken GLaDOS onu tutar ve tesise geri çeker. Chell baygındır. Uyandığında ise GLaDOS Chell için endişelendiğini söyler. Bunda apaçık GLaDOS'un Caroline kullanılarak programlanmasının etkisi vardır. Bu olaylar Caroline'in Chell'in annesi olduğu ihtimalini güçlendirmektedir. GLaDOS ilk kez Caroline'den söz eder. Sistemde Caroline'in bulunduğunu söyler ve o an Caroline ile ilgili tüm bilgileri siler. Tekrar şirketin yönetimi kendisine geçmesinin Chell'in sayesinde olduğunu söyler. "Özgürlüğünümü istiyorsun? Al onu. Sakın geri dönme" der ve onu önceden hazırladığı turretlerden oluşan bir opera şovu ile dışarı uğurlar. Bu şovda Chell için "Canım benim" sözleri kullanılmıştır ve bu olay GLaDOS'un Caroline bilgilerini sildiği sözlerinin güvenilir olmadığını göstermektedir. Chell dışarı çıkarılır dışarısı tamamen buğdaylarla kaplı gökyüzünün temiz olduğu bir yerdir. Kapı sertçe kapanır. Ardından tekrar açılır ve Chell'in testleri geçerken kullandığı yanmış bir Companion kübü dışarı atılır ve kapı tekrar kapatılır. Sonrasında Chell'in Companion kübü ile ne yaptığı nereye gittiği bilinmemektedir.

Doug Rattmann eski bir Aperture Science çalışanıdır. Cave Johnson'un emriyle,asistanı olan Caroline'in kişisel yapısı örnek alınarak programlanan bilgisayar sistemi olan GLaDOS'un zehirli Nörotoksin gazını kullanarak tüm şirketi zehirleyip tüm çalışanları öldürme girişiminden sağ kurtulan nadir kişilerdendir. Uzun bir süre GLaDOS sisteminin göremediği kuytu mekanlarda süt içip konserve yiyerek hayatta kalmıştır.

Aperture Science için çalışırken, Aperture Resim Formatında heyecan verici başarı gösterip 1985'te İnteraktif Grafik Formatını oluşturmuştur. GLaDOS'un geliştirilmesinde asla doğrudan çalışmamıştır. Rattman meslektaşı olan Henry'i görmeye gittiğinde Henry'nin yapay zeka üzerinde çalıştığını görmüştür. Henry yapay zekanın geleceğin teknolojik avantajı olduğunu söyleyerek bu teknolojik gelişimi övmüştür ancak GLaDOS sistemi açıldığı anda herkesi öldürme girişimine giriyordur ve Rattman bu durumdan çok rahatsızdır. Henry bunun kontrol altında olduğunu ve bu sistemin geleceğin en güçlü teknolojik sistemlerinden biri olacağını söylüyordu. Rattman yine de böyle bir projenin içinde yer almak istemedi. Daha sonra Henry ile Ahlak Çekirdeğini hazırlarken tekrar karşılaştı ve Henry ona GLaDOS bilgisayar sisteminin bu çekirdek sayesinde vicdanı varmış gibi davranacağını ve bunun teknolojinin gelebileceği en son nokta olduğunu söyledi. Rattmann ise ana yapay zeka sisteminin sanılandan daha tehlikeli olduğunu ve vicdan çekirdeğini isterse devre dışı bırakabileceğini ve tekrar herkesi öldürmeyi deneyeceğini söyleyerek Henry'i uyardı. Bu olaylardan sonra birkaç test yapılarak GLaDOS Aperture Science'ın ana sistemine bağlanarak aktifleştirildi.

Ancak GLaDOS sanılandan farklı ve hızlı davranarak tüm şirket sistemini ele geçirdi ve tüm çıkışları kilitleyip tüm şirkete zehirli Nörotoksin gazı vererek tüm şirket çalışanlarını korkunç bir şekilde öldürdü. Zenginleştirme Merkezi ise sular altında kaldı. Bu saldırıda Doug Rattmann mucizevi şekilde hayatta kalanlardan biri oldu ancak kendiside Nörotoksin gazına maruz kaldığı için şizofreni belirtileri görülmeye başlandı. Rattmann sırtında yapay zekası daha düşük olan arkadaş küpü sistemini taşımaktaydı. Yalnızlığını bu sistemle konuşarak engelleyip aklını kaybetmemek için çabalıyordu. GLaDOS sistemi tüm şirketin elektronik kısımlarını yönetebildiği gibi aynı zamanda seslendirme desteği ile konuşabiliyorduda. GLaDOS Rattmann'ın kurtulduğunun farkındaydı ve sürekli yediği gazdan dolayı hayal gördüğünü ve saklanmasına gerek olmadığını söylüyordu. Rattmann bunlara inanmadı ve GLaDOS'un acilen durdurulması gerektiğini düşündü. GLaDOS sürekli bazı alanlarda gönüllü kobay olarak yazılan insanların üzerinde kendi yapay zekasını deneyerek ve sonuçları gözlemliyor ve yapay zekasını geliştiriyordu. Ardından tüm kobayları özel hazırlanan alev odasına atıp öldürüyordu. Cave Johnson'ın 1976 yılında kurduğu Gönüllü İstek Vakfı'na katılan gönüllü kobay insanların listesini buldu ve içinde Chell adındaki bir kızın bir fark yaratabileceğini düşündü çünkü Chell'in incelemelerdeki sonucu anormal derecede inatçı ve asla vazgeçmeyen olarak gözüküyordu. Chell'in test sırasını değiştirerek onu ilk sıraya atadı ve GLaDOS'un karşısına çıkarmayı başardı.

Rattman bundan sonra Test Kabinlerinin havalandırma deliklerinde ve şirketin bakım alanlarında GLaDOS'tan saklanayarak aylar geçirdi. Bu süre zarfında süt içip konserve yedi ve duvarlara GLaDOS ve Chell hakkında birçok şey yazıp çizdi. Artık çıldırma noktasına gelmişti. Yalnızlık ve kurtulamayacağı düşüncesinden dolayı çıldırmak üzereydi. Dolabında bulunan 2 hap vardı. Bu haplar sakinleştiriciydi ancak beyne hasar veren tipten haplardı ve şirket tarafından özel durumlar için üretilmişti. Rattmann sakinleşmek için bu hapların ikisini birden içti ve bu onun aklını yavaş yavaş kaybetmesine neden oldu. Tekrar Chell'in dosyalarını incelemeye gittiğinde çok büyük gürültülü bir patlama ve sarsıntı oldu. Chell başarmıştı. GLaDOS artık sistemde değildi ve ciddi hasar görmüştü. Rattmann dışarı çıktı ve kaçmaya başladı. Özgürlüğü yaşayacaktı ki GLaDOS için geliştirilen bir çekirdeğin hala çalıştığını ve Chell'i içeri sürüklediğini gördü. Kendisini kurtarmak amaçlı Chell'i kullanmıştı ancak Chell'in hayatı tehlikedeydi ve bu yüzden kendini sorumlu hissederek özgürlüğünden vazgeçerek Chell'i kurtarmak için tekrar şirketin içine döndü. Chell'in tekrar bir odaya kapatılıp uyutulduğunu gördü ancak bu sefer ciddi bir sorun vardı. GLaDOS'un patlama anında elektrik şebekesi de patlamıştı ve jeneratör devredeydi. Jeneratördeki enerji bittikten sonra tüm odalardaki yaşam destek ünitesi kapanacaktı ve Chell ölecekti. Rattmann onu kurtarmak için soğutucu ünitesine gidip enerjiyi yedek sistemden almayı düşünür ve yola çıkar. Ancak akli dengesini yavaş yavaş kaybettiği için yanındaki arkadaş küpü yapay zeka sisteminin önerilerine kulak asmadan yoluna gitmeye devam eder. Soğutucu odasına yaklaşmıştır ancak turretler yolu izliyordur. Arkadaş küpünün uyarılarına aldırmadan turretlerin önünden geçmeye çalışır ancak başaramaz turretler onu bacağından vurur ve Rattmann bayılır. Bir süre sonra tekrar ayılır ve arkadaş küpü hala Chell'i kurtarabileceğini söyler. Rattmann sürüne sürüne soğutucu odasına gider ve yaşam destek ünitesine yedek sistemle enerji verir. Yaşam destek ünitesini ve oda soğutmalarını tekrardan açar ancak bu tekrar açmadan dolayı uyandırma tarihinin ne zaman olacağı belirsizdir tamamen sistemin işleyişine bağlıdır. Belkide Chell çok uzun yıllar boyu uyutulacaktır ancak Rattman üstüne düşeni yapmak istemektedir. Rattman beni affet diyerek sistemi devreye sokar daha sonrasında zar zor kobayların uyutulduğu mekana gelip bir dinlenme kabininin içine yatar. Ondan sonra uyanıp uyanmadığı bilinmemektedir.

Vortigauntların insan fiziğini andıran bir yapısı vardır. Vücutlarında 2 bacak ve 3 kol bulunmaktadır birde iri ve kırmızı gözleri vardır. Asıl kökenleri ve geldikleri yer Xen gezegenidir. 2 bacağının olması, omuzlarından 2 kol ve omuz arasında göğüs kısmından çıkan üçüncü kol olması Vortigaunt ırkının Alien Grunt ve Nihilanth ile aynı atadan geldiklerinin bir işaretidir. Dünyadaki memelilere benzer bir vücut yapısı vardır ve zorlansalar dahi dünya dillerini konuşabilmektedirler. Yanlardaki 2 kolları ile saldırıp ortadaki kollarla beslenirler aynı zamanda bir tehdit gördüklerinde ellerini kullanarak kısa zamanda elektrik enerjisini ellerine hapsedip istedikleri yöne doğru elektrik akımını iletebilirler. Sanıldığından çok daha zeki yaratıklardır ve daima sosyal hareket edip kendi ırkından olanları korurlar. Birden fazla Vortigaunt hareket ettiğinde daima stratejik olarak hareket ederler ve kendilerinden çok daha güçlü bir tehdit gördüklerinde diğer Vortigauntlar ile enerjilerini birleştirip saldırırlar.

Vortigauntlar Black Mesa olayından çok önceki zamanlardan beri Xen'in lideri Nihilanth tarafından köle ve asker olarak kullanılmaktaydılar. Nihilanth onları ellerine, karnına ve boynuna taktığı cihazlarla kontrol edebilmekteydi. Vortigauntların söylediklerinden Nihilanth'ın Vortigauntlar içinde olmak üzere bir çok Xen'li canlı ırkını çok uzun nesiller boyu köle olarak kullanıldığı anlaşılmaktadır. Hatta bu kölelik o kadar acımasız ve zulüm doludurki Vortigauntlar Gordon Freeman'e konuştuklarında "Çok uzun zaman boyunca bu yıpratıcı zincirlere dayandık, köleliğin her bir anı çekilemez bir zulüm! Bu savaşı bitirelim, zaferle ya da yok oluşla. Daha fazla taviz veremeyiz." diyerek bu köleliğin ne kadar kabul edilemez birşey olduğunu açıkça dile getirmişlerdir. Vortigauntlar aynı zamanda kültürlü yaratıklardır. Bazen geçmişleri hakkında güzel şeyler anlattıkları hatta şiir okudukları bilinmektedir. "Vortessence" denilen yaşam bağına inanmaktadırlar ve bu gücün insanlar tarafından henüz keşfedilemediğini ve kullanılamayacağını söylemektedirler.

Vortigauntlar Nihilanth'ın acımasızca köleliğine mahkum edilmişken Black Mesa faciası patlak verir ve Black Mesa'da Rezonans Kaskad oluşur. Bu Rezonans Kaskad sıradan bir portala neden olmaz kontrolsüzce etrafa portallar açan bir portal fırtınasa neden olur. Vortigauntlar ilk kez bu olayda bir dünyalı ile göz göze gelmişlerdir. Rezonans Kaskad oluştuğu sırada Gordon Freeman, Vortigauntların yanında bir süreliğine belirmiş ve tekrar geri dönmüştür. Xen'de kullanılan portal teknolojisinde, Black Mesa'da incelenen ve portalların açılmasına neden olan aynı türden bir taş kullanılmıştır. Bu yüzden bu olayları farkeden Vortigauntlar kendi ırklarını korumak adına kölelikten kurtulma ümidi ile açılan portallara ilerlerler. Vortigauntlara diğer Xen'li canlılarda eşlik eder böylece Black Mesa içine ve dışında birçok Xen'li canlı akın etmeye başlar. Vortigauntlar nesiller boyu köle olarak kullanıldıkları için tekrar bir köleliği reddederek önlerine çıkan tüm canlıları yokederek kendi üstünlüklerini kurmaya çalışırlar. Bu olaylar Black Mesa çalışanları tarafından bir uzaylı istilası olarak algılanır. Tüm vortigauntlar bir olup grupça davranarak kendilerine yabancı tüm canlıları yok etmektedirler. Dünyaya gelen Vortigauntların üzerinde hala kölelik için takılan cihazlar bulunmaktadır ve Nihilanth gerçekleşen tüm olayları bilmektedir.

Gordon Freeman hayatta kalmak için uzun süre boyunca Vortigauntlar dahil olmaz üzere birçok Xen'li yaratıkları öldürmüştür. Black Mesa istilasından bir süre sonra Gordon Freeman, Xen'e gitmenin bir yolunu bulur ve Xen'e ışınlanır. Xen'e geldiğinde derinden bir ses duyar bu ses Nihilanth'tan gelmektedir. "Comes another" Bu sözcükten Nihilanth'ın daha önce de başka gezegenlerden de canlılar olduğu anlaşılmaktadır. Gordon uzun uğraşlar sonucu Xen'in lideri Nihilanth'ın bölmesini bulur. Uzun uğraşlar sonucu Nihilanth'ın bağının bağlı bulunduğu güç taşlarını kopararak mucizevi bir şekilde Nihilanth'ı öldürür. Bu ölüme Xen'de ki Vortigauntlar şahit olmuştur. Dünyadaki Vortigauntlar bir süre sonra kölelikten kurtulduklarını farketmişlerdir. Nesiller boyu karşı koyulamayan liderin öldürülmesini ve özgürlüklerini Gordon Freeman'e borçlu olduklarını anlamışlardır. Bu olay sonucunda Gordon Freeman ve onun dünyalı ırkına vefa ederler. Artık dünyalılara saldırmıyorlardır hatta yardım etmeye bile başlamışlardır.

Combine diye telaffuz edilen diğer bir ırk köle olarak kullandıkları Nihilanth'ın öldürüldüğünü farkederler. Aslında Xen'in lideri Combine ırkının kölesidir ve her işi onların isteği doğrultusunda yapmaktadır. Kısacası Combine ırkı Xen'de ki canlıların köle olarak kullanılmasına neden olan asıl sebeptir. Nihilanth'ın öldürüldüğünü farkeden Combine ırkı bir süre sonra açılan portallar sayesinde dünyanın varlığını farkederler. Hem Xen'li hemde dünyalı canlıları köleleştirebileceğini düşünerek dünyaya saldırırlar. Combine ırkı öyle muazzam bir güce sahiptir ki dünyaya saldırıya başladıklarından sadece 7 saatlik süre sonunda tüm dünya güçleri teslim olur. Vortigauntlar kendi gezegenlerine yapılan şeyin aynısını dünyaya yapıldığını görünce dünyalı güçler ile birleşip Combine ırkına karşı direnişe geçerler. Artık Dünyalılar ile Vortigauntlar arasındaki bağ eskisinden çok daha güçlüdür. Dünyalılar sayesinde özgürlüğe kavuştuklarını düşünürken kendi gezegenlerine yapılanların aynısının dünyaya yapılacağını hatta kendilerinin tekrar köleleştirileceğini düşünen Vortigauntlar artık "Bu savaş ya zaferle ya da yok oluşla sonlanacak." diyip ellerinden geldiğince dünyalılara yardım etmeye başlamışlardır. Gordon Freeman'in geri dönüşüyle beraber Combine ırkına karşı kayda değer bir direniş göstermeye başlamışlardır. En çok güvendikleri kişi olan Gordon Freeman'e bir çok yerde yardım etmişlerdir. Gordon ve Alyx Combine ırkının dünyadaki merkezi olarak kabul edilen City 17'de ki Citadel'in tepesindeki Karanlık Füzyon Reaktörünü yok ettiklerinde büyük bir patlama meydana gelmiştir ve Alyx ile Gordon ölüm tehlikesi geçirmişlerdir. Citadelin tepesindeki Karanlık Füzyon Reaktörünün patlamasından sonra G-Man, Gordon Freeman'i tekrar zamansız boşluğa hapsetmiştir. Vortigauntlar ise Alyx'i patlamanın etkisinden kurtarmışlardır. G-Man tekrar Gordon Freeman ile konuşmaya geldiğinde Vortigauntlar G-man'in Gordon Freeman ile konuşmasını engellemişlerdir. Bu olay G-Man'i kızdırmıştır ve G-Man "Bu konu hakkında görüşeceğiz" dedikten sonra Vortigauntlar Gordon'u Alyx'in yanına göndermişlerdir. Daha sonraki zamanlarda Alyx bir Hunter tarafından ağır şekilde yaralanmıştır. Vortigauntlar Alyx'i kurtarmak için ciddi çaba göstermişlerdir. Alyx'in iyileştirilebilmesi için Gordon ile Antlionların mucizevi larva özütünü toplamışlardır. Vortigauntlar bu özüt ile enerjilerini birleştirerek Alyx'in iyileşmesine yardımcı olmuşlardır. Vortigauntlar hala daha Gordon ve dünyalılara yardım etmektedirler.

Nihilanth, Black Mesa faciası sırasında Dünya'ya saldırmakta olan Xen güçlerinin lideridir. Bedensel olarak küçük bir gövde üzerinde orantısız şekilde büyük dev bir başı vardır. Görünüşü ciddi derecede anne karnındaki bir fetusa benzemektedir. Nihilanth hareket etmek için mekanik bir cihaz üzerinde havada oturmaktadır. Omurga başından kafasının arkasına kadar uzanan izler vardır. Bu kalıntı izler Nihilanth'ın vücudunun cerrahi bir olaya maruz kaldığının belirtisidir. Vortigauntlar ve Alien Gruntlardaki gibi göğsünün ortasından uzanan bir kolu vardır. Yanlardaki kolları ise anormal derecede uzundur. Bu görünüşteki Nihilanth normal bir insandan yüzlerce kat daha büyük bir vücuda sahiptir.

Üzerindeki cerrahi izler ve kollarına bağlı olan metal plakalar vardır bu yüzden combine güçleri tarafından köleleştirildiği düşünülmektedir. Nihilanth Xen'deki en önemli canlı türüydü ve Xen'in hükümdarıydı. Vortigauntlar tarafından desteklenmekteydi ancak Combine güçleri Xen'e gelip saldırıya başladıklarında işler tamamen değişti. Nihilanth Combine güçleri tarafından sakatlandı ve bazı özelliklerini kaybetti aynı zamanda cerrahi müdahaleye maruz kaldı ve Combine güçlerinin kölesi haline geldi. Kendi ırkından olan diğer tüm canlılar Combine güçleri tarafından yok edildi ve kendi türünün son örneği olarak bırakıldı. Vortigauntlar ise Nihilanth'ın kölesi olmak zorunda bırakıldı. Bu olaylardan sonra Xen'de yeni bir ekosistem kuruldu. Tüm canlı ırklarının özellikleri değiştirildi hatta yeni canlılar getirildi. Nihilanth zar zor ayakta duran bu ekosistemden kurtularak Xen'in iç kısımlarına kaçmayı başardı.

Black Mesa olayı patlak verdiğinde oluşan Rezonans Kaskad yüzünden dünya üzerinde portallar açılmaya başladığında Vortigauntlar bu kabul edilemez kölelik ve işkenceden kurtulmak için dünyaya kaçmaya başlamışlardır. Nihilanth bu sırada hem dünyadaki hemde Xen'deki kuvvetleri yönetmektedir. Kendiside dünyaya kurtuluş gözüyle bakmaktadır.

Gordon Xen'e girdiğinde onu görmüş ve telepatik yoldan ona nadiren konuşmaya başlamıştır. Bir süre sonra Gordon, Nihilanth'ın bölmesine geldiğinde Nihilanth Freeman'i tanır gibi onun ismini söylemiştir ve bölmesindeki enerji taşlarını kullanarak Gordon'a saldırmaya başlamıştır. Nihilanth enerji taşlarından enerji alarak elleri arasında portal yaratıp bu küresel portalı Gordon'un üzerine yollayabilmektedir. Bu yeteneği bile Nihilanth'ın ne derece değerli bir varlık olduğunu göstermektedir. Bu portal ile Gordon'u diğer Xen canlılarının bulunduğu yere gönderebilmektedir. Aynı zamanda Gordon'un üzerine öldürücü elektrik küreleride yollayabilmektedir. Gordon ilk denemelerde hiçbir şekilde Nihilanth'a hasar verememiştir. Nihilanth ne olursa olsun hasar almamaktadır ve sürekli yanındaki enerji taşlarına yönelmektedir. Bunu farkeden Gordon enerji taşlarını yoketmeye başlamıştır. Enerji taşlarının hepsi yokolduğunda Nihilanth'ın hasar almaya başladığını farketmiştir. Nihilanth sonunun yaklaştığını hissetmiştir ve ilk defa Gordon'a birşeyler söyleme çabası içine girer. Bu söylediği şeyler ciddi önem taşımaktadır ancak Gordon hayatta kalmak için Nihilanth'ı öldürmek zorundadır ve saldırıyı durdurmaz. Gordon yanındaki tüm cephaneyi Nihilanth'ın üzerine döktükten bir süre sonra Nihilanth'ın kafasının açıldığını farkeder. Nihilanth'ın kafası çiçek gibi açılmıştır ve içi parlıyordur. Gordon son hamleyi Nihilanth'ın başının açılan kısmına yaparak Nihilanth'a ciddi hasar verir. Nihilanth bölmesinin tavanına kadar çıkar ve büyük, yeşil rengi bir patlamayla ölür.

Nihilanth'ın ölmeden önce Gordon'a söylediği sözler ciddi önem taşımaktadır. İşte o sözler;

Comes... another... : "(Yine)Başkası geldi". Gordon'un Xen'e girdiği an Nihilanth'ın söylediği ilk söz. Bu söz Xen'e gelen ilk yabancının Gordon olmadığını göstermektedir.

Die...you all die...you all die... : "Hepiniz ölün" diyerek kendi düzeninin bozulmasına karşı tepkisini göstermektedir.

Alone... aren't you alone... aren't you alone... : "Yalnız değil misin?" Burada Gordon'un Xen'e yalnız gelmediğini, birinin desteği ile geldiğini belirtiyor. Bir şeylerin farkında olduğu anlaşılıyor.

Thieves...you all are thieves...you all are... : "Hırsızsınız, hepiniz hırsızsınız." Muhtemelen hem Combine hemde G-Man'e hırsız dediği düşünülmektedir. Combine güçleri tarafından teknolojilerinin çalınması, G-Man'in aldığı enerji taşlarından birinin dünyada incelenmesi ve Black Mesa faciasının meydana gelmesi.

FREEEEEMAAAAAANNN! : Gordon'un Nihilanth'ın bölmesine geldiğinde Gordon'a soyadı ile seslenmesi onu tanıdığının bir göstergesidir. Herhangi bir yerden veya kişiden Gordon'un adını duymuş olduğu düşünülmektedir.

Their slaves...we are their slaves...we are... : "Biz onların kölesiyiz." Combine ırkının kölesi haline geldiğini anlatmaktadır.

You are man... he is not man... for you he waits... for you... : "Sen bir insansın, o bir insan değil, o seni bekliyor." Bu sözü Gordon'u gittiği her yerde takip eden mavi takım elbiseli G-Man hakkında söylediği düşünülmektedir. Onun insan olmadığını ve bizi beklediğini söylemiştir. Sözlerden G-Man'in insan olmadığı, insan görünümünde başka bir varlık olduğu anlaşılıyor. Gordon'un Nihilanth'ı öldürdükten sonra, G-Man'in Gordon ile iletişime geçmesi Nihilanth'ın sözlerini doğrulamıştır.

Die now...you die now...die now... : "Öl artık,öl." Gordon'a saldırırken söylediği sözlerden biridir.

Done...what have you done... : "Ne yaptın?" Gordon'a, kendisini öldürmeye çalışarak ve G-Man'in izlenimi altına girerek nasıl bir hata yaptığını anlatmaya çalışmıştır.

Ölmeye yakınlaştığında;

The last...I am the last... : "Sonuncuyum, ben sonuncuyum." Buradan Nihilanth'ın kendi türünün hayatta kalan son örneği olduğunu anlıyoruz. Muhtemelen kendisini Xen'in kurtulması için son bir şans olarak görmekteydi.

The truth...you can never know...the truth... : "Gerçek, gerçeği asla bilemezsin." Gordon'un içinde bulunduğu durumun ne kadar karmaşık olduğunu belirten sözlerden biridir. Gordon'un bilmediği şeyler olduğunu ve bu sırların çok büyük sırlar olduğunu, Gordon'un bunları asla bilemeyeceğini ima etmiştir.

Deceive you... will deceive you... : "Seni kullanacak, ihanet edecek." Bir kişi hakkında konuştuğu ve bu kişinin G-Man olduğu düşünülmektedir. Eninde sonunda Gordon'un ihanete uğrayacağını söylemeye çalışıyordur ve onu uyarıyordur.

Ölüm anında;

Win... you cannot win... : "Kazanamazsın." Kime ve neye karşı dediği bilinmemektedir.

Bilinmiyor.