Oyunun geçtiği dönemden 50 yıl önce yaşanılan dünya kaos içerisinde ve ölümcüldü.
İnsanlık ise bu zor şartlarda yaşam mücadelesi veriyor ve bir yandan da tanımlanamayan
çok güçlü baskıcı bir grubun himayesi altına girmişti. Helena Tarsis adında güçlü kadın bir
savaşçı ortaya çıkarak, insanları kendi bayrağı altında topladı ve bu zorbalığa karşı
mücadele başlattı. Helena Tarsis'in emri altında olan gruba Legion of Dawn adı verildi. O
dönemlerde Arcanist'ler (Bilim ve gizemli olaylara ilgi duyan kişiler) gizli labaratuvarlarında
Shaper teknolojisini kullanarak ilk Javelin'i geliştirdiler ve böylece Legion of Dawn'ın insanlığı
adeta bir araç olarak kullanan bu güçlü gruba karşı savaşabilmesinin yolu açıldı. Helena
Tarsis insanlığı bu kaos ortamından kurtardıktan sonra daha korunaklı bir yer inşa edilmesini
istedi ve duvarlarla kaplı bir şehir yapıldı. General Tarsis'e olan saygı ve sevgiden ötürü de
adı Fort Tarsis olarak belirlendi. Ancak sonraları insanlar farklı bölgelerde çeşitli şehirler
kurmaya devam etti. Fakat General Tarsis'in ölümünün ardından sistem alt üst oldu ve
Legion of Dawn üç farklı gruba bölündü. Freelancer, Sentinal ve Dominion.
Hikayenin merkezinde yaratma ve yok etme gücü olan Anthem of Creation kısaca Anthem
adında bir şey yer almaktadır. İnsanlar, Dünya'nın Shaper adını verdikleri Tanrılar tarafından
yaratıldığına inanır. Tanrılar, Shaper Relic denilen devasa boyutlardaki makineleri aracılığı
ile Anthem'i kullanarak dünyayı yaratmaya devam ettikleri esnada işlerini tamamlamadan
arkalarında bu antik makineleri bırakarak aniden ortadan kayboldular. Bu makineler ise
Anthem dünyasındaki şiddetin ve değişimin başlıca sebebidir. Anthem ve Shaper ikilisinden
hangisinin ilk önce var olduğu ise bilinmemektir. Shaper'lar dünyayı istediği gibi
şekillendiremediler ve insanlar geride kalan bu devasa kalıntılar ile beraber aynı yerde
yaşamak zorunda kaldılar. Bu dev makineler hem dünya'nın görüntüsünü değiştirdi hem de
Cataclysm (Shaper Fırtınası) yüzünden sürekli değişime uğramasına, hayvanların mutasyon
sonucu farklılaşmasına sebep oldu. Dünya üzerinde varlığını sürdüren bir diğer topluluk
Scar'ların ise Shaper'lar ile bir bağlantısı olduğu düşünülmektedir, zira onlar da Anthem'i
kontrol etmek için uğraş vermektedir. İnsan değiller ama ne oldukları da bilinmemektedir.
Shaper'lardan geride kalan tüm bu garip makineler ormanlara, yer altı tünellerine kadar
yayılmış, bazıları tamamen ölü bazıları ise yarı çalışır vaziyette durmaktadır ve çok
tehlikelidir. Tüm bu kalıntılar ve Anthem arasında ne gibi bir bağ var, insanlık bunu bulmaya
çalışmaktadır.
General Tarsis öldükten sonra bölünen Legion of Dawn birliklerinden Dominion'da Anthem of
Creation'ı kontrol etme niyetine girişmiştir. Kuzeydeki dağlık bölgeye Stralheim adında bir
yerleşke kuran bu birlik The Monitor adındaki liderleri ile birlikte Anthem'i kontrol etmeyi
istemektedir. The Monitor, Anthem'in medeniyetleri yok ettiğini düşünmektedir. Çünkü dünya
üzerinde çok eskilerden kalma şehir kalıntıları bulunmaktadır. Bu düşüncesinden ötürü
Anthem'i kontrol edecek gücün elinde olduğunu ve insanoğlunun çektiği tüm acıları ortadan
kaldırabileceğini iddia eder yani bir nevi acılardan kurtuluş çözümü sunar. O, yaptığı tüm
eylemleri "Büyük İyilik" olarak isimlendirip meşrulaştırmıştır. Felsefi açıdan Freelancer'ları
kabullenmediği için en başından beri onları düşman olarak bellemiş ve iki grup her daim
çatışmaya devam etmektedir. Sahip oldukları imkanlarla Storm Javelin'i tasarlamış olsalar
da, sonraları bu tasarım Freelancer'ların da eline geçmiştir. Freelancer'lar ise insanoğlunu
inşa ettikleri duvarların içinde uzun yıllar korumuştur, geçmişte yaptıkları işlerle büyük saygı
kazanan bir birlik olmuş olsalar da artık günümüzde aynı saygıyı görmemektedir. General
Tarsis'in yolundan gitmelerine rağmen özgürlüklerinden asla vazgeçmemektedirler. Ancak
Dominion'ın Anthem'i kontrol etmek için harekete geçmesinden sonra Freelancer'da
insanlığın geleceğinin tehlikeye atıldığını düşünerek karşı saldırıya geçmiştir. Sentinal ise
General Tarsis'e en sadık birliktir ve hala onun izinden gitmektedirler. Fort Tarsis içerisinde
yer alır ve oradan çıkmazlar.
Günümüzden 10 yıl önce Jani karakterinin gözünden anlatılıyor. En güçlü seviyesine ulaşan
Dominion, insanların refah içinde hayat sürdürdüğü, Freelancer ve Sentinal'lerin beraber
çalışarak insanları koruduğu bu topraklarının en büyük kadim kenti Freemark'a saldırdı.
Ancak bu şehrin en önemli özelliği o zamana kadar ki en büyük Freelancer topluluğuna da
ev sahipliği yapıyor olmasıydı. Dominion'ı yöneten kişi ise o vakte kadar kendisini hiç
göstermemiş olan Doctor Harken adında biriydi. Ne pahasına olursa olsun şehri ele
geçirmek için tüm gücü ile saldırmıştı. Dominion'ın güçleri Freemark'dan çok üstündü buna
rağmen Freelancer'lar savaşmaya devam etti ama düşmanı durduramadılar. Sentinal'ler ise
haber vermeden gizli sığınaklarına gerçi çekildiler. Ancak Jani kaçarken şans eseri
Sentinal'lerin geri çekildiği sığınağı buldu. Orada aslında Dominion'ın Freemark şehrini yok
etmek için gelmediğini gördü. Sentinal'ler çok eskilerden The Cenotaph adında bir Shaper
Relic aracını şehrin altında saklıyor ve koruyordu, bundan kimseye bahsetmemişlerdi. Doctor Harken'in amacı Cenotaph'i ele geçirmekti ve nihayetinde sığına ulaştılar, Sentinal'ler öldü
Jani ise son anda kaçtı. Doctor Harken, Cenotaph'i kullanabilmeyi sağlayan Arrogance
adında bir araç yarattı böylece Anthem of Creation'ı kontrol edebileceğini düşünmüştü.
Ancak Anthem kontrol edilemezdi. Doctor Harken'ın bir hamlesi korkunç bir Cataclysm'i
(Devasa fırtına) ortaya çıkardı. Freemark kenti, Dominion, her şey yok oldu. Savaş
esnasında şehrin dışına çıkarak çarpışmayı sürdüren birkaç Freelancer ise bu korkunç
olaydan şans eseri kurtuldular. Fakat o gün oluşan Cataclysm daha sonra korkunç bir hal
alarak büyümeye devam etti, en son böyle bir Cataclysm oluştuğunda ona Heart of Rage adı
verilmişti ve General Tarsis, merkeze ulaşarak fırtınayı sonlandırmıştı. Bu defa yine bir Heart
of Rage meydana gelmişti.
Freelancer'lar daha önceleri de birçok kez ortaya çıkan çeşitli Cataclysm'leri merkezlerine
kadar ilerleyerek durdurmayı başarmış olsalar da Heart of Rage öncekilere kıyasla
bambaşka bir boyuttaydı, çok uzun zamandır böylesine ilk defa şahitlik ediliyordu. Bu
noktada acemi bir Freelancer olarak oyuna başlıyoruz, takım arkadaşımız Haluk ve diğer
Freelancer'lar ile birlikte fırtınanın merkezine ilerleyip, Cenotaph'a ulaşarak fırtınayı
durdurmak amaçlanıyor. Son yıllarda Heart of Rage'den çok sayıda Titan ortaya çıkmaya
başlamıştı ve Titan'ların sayıları ve boyutları gittikçe büyüyordu. Çok fazla yol kat edemeden
bir Titan yirmiden fazla Freelancer'ın ölümüne sebep oldu ve geriye sadece biz ve Haluk
kalmıştı. Haluk merkeze doğru devam etmek istediğini inatla söylese de aynı esnada ortaya
çıkan daha fazla Titan'a karşı gelemeyecekleri için geri çekildiler ve Heart of Rage'i
durdurma görevi büyük bir başarısızlık ve çok sayıda korkunç ölümle sonuçlandı.
Freelancer'ların sayısı yok denecek kadar azaldı, acemi Freelancer olarak türünün sayılı
örneği haline geldik. Fakat daha da kötüsü kahramanlar olarak anılan Freelancer'lar artık
güvenilmeyen bir birlikti. O olaydan sonra 2 yıl geçmiş ve Fort Tarsis insanların endişe içinde
yaşadığı, dükkanların bir bir kapandığı boş, umutsuz bir yer haline dönüşmüştür.
Interceptor javelin'in tasarımını yapmış Corvus adında gizli bir topluluk mevcut. Buradaki
insanlar Fort Tarsis dışındaki operasyonları birebir çatışmaya girmeden gizlice bitiriyorlar.
Birçok yerde ajanları, suikastçileri bulunuyor. Freelancer'lar için pek de iş çıkmadığı bu
zamanlarda Tassyn adında bir kadın bir iş teklif eder. Tassyn, Corvus adına çalışan
ajanlardan biridir. Eskiden Tarsis'de yaşıyor olmalarına rağmen düzeni bozan, pis işlere
bulaşmış tiplerin şehirden sürülmesi sonucu ortaya çıkan Regulator adında bir grup var.
Tassyn, bu grubun içerisinde bir ajanı olduğunu ve onunla buluşmamızı ister. Ancak bu
görev esnasında Doctor Harken'in yardımcısı The Monitor'ü görürüz, ajanı yakalamış ve bir
relic hakkında sorguya çekmektedir. Maalesef ajan ölür ama daha büyük bir sorun vardır,
Dominion geri dönmüştür.
The Monitor, bir kez daha Heart of Rage'in merkezindeki Cenotoph'ın peşindedir, bu yüzden
geçmişteki o büyük başarısızlığa rağmen Dominion'ın durdurmak için Heart of Rage'e tekrar
gitmek gerekmektedir ancak bu acemi Freelancer'ın tek başına yapabileceği bir şey değildir.
Bundan 2 yıl önce Heart of Rage'de yaşananlardan sonra Haluk ve onun Cypher'ı Faye
yaşananlardan sonra bizi sorumlu tutmuş ve Tarsis'den ayrılmışlardır. (Cyper: Bazı
insanlarda ortaya çıkan telepati yeteneğinine sahip kişilere deniyor, bu Cypher'lar kendilerini
geliştirdiklerinde çok uzak mesafelerden birbirleri ile iletişim kurabiliyor, normal insanların
göremediklerini, işitemediklerini algılayabiliyorlar. Anthem of Creation ile iletişim kurabiliyorlar.
ayrıca her Freelancer'ın bir Cypher'ı oluyor, böylece ona her türlü bilgiyi anlık olarak
aktarabiliyorlar.) Eski dostlarla iletişime geçince Haluk zor zor ikna olsa da Faye sıcak kanlı
bir şekilde karşılıyor acemiyi. Faye'in söylediğine göre en son Heart of Rage'in merkezine
giren General Tarsis'in Javelin'i özel bir kalkana sahiptir ve o javelin'de hala Tarsis'in
mezarında duruyodur. Amaç onu alıp o kalkanı diğer javelin'lere de uygulamak. Fakat,
Tarsis'in Javelin'i ulaşılmaması için mühürlenmiştir. Bu mührü kırabilmek için de dört farklı
mezarın Legionnaires Challenge'larını tamamlamak gerekmektedir.
Karakterimizin Cypher'ı Owen adında biridir ancak Owen diğer Cypher'lara göre biraz
farklıdır. O aynı zamanda bir Lancer da olmak istemekte ancak bu konuda çok da başarılı
olduğu söylenemez. Bir görev esnasında az kalsın kendini öldürtüyordu, bu yüzden
gruptakiler onun arkada durmasını ve asli görevini yerine getirmesini isterler ancak Owen bu
muameleden hiç memnun değildir. General Tarsis'in Javelin'ini bulduktan sonra hiç
beklenmedik şekilde Owen ortaya çıkar ve bir çeşit elektrik silahı ile bizi durdurur ardından
Tarsis'in Javelin'i alır. Dominion'un çok güçlü olduğunu ve onların yenilmeyeceğini
söyleyerek ihanet eder. Olanlardan sonra Faye, General Tarsis'in Signet'i (Herkesin elinde
takılı olan ve çeşitli birçok bilgiyi depolayan bir çeşit eşya) sayesinde edinilen bilgiler ile
kendi kalkanlarını yapabileceklerini söyler ve çalışmaya başlarız. Tasarım tamamlanmış,
Javelin'e monte edilmiştir ama bir sebepten ötürü kalkan aktif olmuyordur. Bu esnada
Tassyn, The Monitor ve çok sayıda Dominion'ın Heart of Rage'e doğru hareket ettiğini, eğer
bir şey yapmazsanız Sentinal'leri göndereceğini söyler. Faye ise Sentinal'lerin bu konuda
hiçbir bilgisi olmadığını başarabilecek kişilerin kendileri olduğunu söyler ancak vakit kısıtlıdır.
Haluk, bunun üzerine bir şeyi gözden kaçırdıklarını düşünerek apar topar General Tarsis'in
mezarına gider tekrar araştırmak için biz de peşinden gideriz. Haluk'u çaresiz bir şekilde
otururken buluruz, o esnada mekana Owen gelir. İhanet ettiği sanılan Owen, aslında Fort
Tarsis'i korumak için ve biraz daha kendini tatmin etmek için bu yola başvurduğunu söyler.
The Monitor'un kalkanı yapabilmek için gerekli olan parçayı ele geçirdiğini ve Cenotaph
kullanabilecek bir makinesi olduğunu söyler. Kendi bencilliği ve tatmin duygusu yüzünden
bunu yaptığını ve başlangıçta onlara katılmanın güzel hissettirdiğini fakat sonra bu durumun
kaybolduğunu söyler. Vücudunda çeşitli yaralar, değişiklikler oluşmuştur. Kendisini
affettirmek için kalkanı aktifleştirecek olan gerekli parçayı verir ve bundan sonra ne
yapacağını bilmediğini, biraz kafasına göre takılacağını söyleyerek oradan uzaklaşır.
Javelin'in kalkanı için gereken parçayı Haluk'a vererek "The Dawn Shield" aktifleşiyor ve
Heart of Rage'e doğru tekrar yol alıyoruz. Orada çok sayıda Dominion güçleri ile çarpıştıktan
sonra The Monitor'u buluyoruz. Cenotaph kullanmayı başararak Anthem of Creation ile bağ
kurmuş ve evrim geçirmiştir. Artık çok daha büyük, çok daha güçlü korkunç bir varlığa
dönüşmüştür. Zorlu mücadelenin ardından The Monitor'ü alt edilir, ardından Cenotaph'a
bağlı olan Arrogance'ı çıkarıp Heart of Rage durdurulmuştur. Bu olaydan sonra acemi
Freelancer artık bir efsane haline dönüşür, insanlar sürekli ondan bahseder ve Freelancer
birliği eskisi gibi kahramanlar olarak anılır.
The Monitor durdurulmuş olsa da asıl tehlike yeni başlıyordur. Freemark kentinin yok
oluşundan sağ çıkmayı başarmış olan ünlü Freelancer Adam ile buluşur ve bize bir şey
gösterir. Doğu sınırında iki ekibini öldürmüş olan bir Urgoth cesedi yatıyordur masada, onlar
çok uzun zamandır olmadıkları için yok oldukları düşünülüyordu ama anlaşılan hala varlıklarını sürdürüyorlar. Yeterli bilgi olmadığı için insanların telaşlanmaması adına şimdilik
bilmemesi gerektiğini söyler. (Yapımcı ekip hikayenin sürekli antılmaya ve büyümeye devam
edeceğini söylemişti, sonra ki içerikler, görevler vs. ile yeni düşman olarak Urgoth'ları
göreceğiz gibi duruyor.)
Yapımcı kaynaklı birkaç bilgi; Anthem dünyası başka bir gezegen, Dünya değil. İnsanlar
teknolojik olarak zayıflar, Javelin teknolojisi de zaten bu insanlara ait değil, uzayda yolculuk
gibi bir imkanları yok, zekiler ama besin zincirinin en tepesinde değiller ve neredeyse tüm
canlılar ile düşmanlar, sihir, büyü gibi yetenekleri yok